Biopolym. Cell. 2002; 18(1):71-75.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.0005EA
Структура та функції біополімерів
Роль нуклеотидів у позиціях 1 и 72 акцепторного стебла тРНКTyr в аминоацилюванні тирозил-тРНК синтетазою печінки бика
1Найдьонов В. Г., 1Вудмаска М. І., 1Мацука Г. Х.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680

Abstract

Для з'ясування внеску кожного з нуклеотидів першої пари акцепторного стебла в тотожність тРНКTyr бика отримано тРНКTyr -транскрипти, мутантні по позиціях 1 и 72. Визна­чено кинетичні параметри реакції аминоацилювання мутант­них транскриптів рекомбинантною тирозил-тРНК синтета­зою печінки бика. Показано, що транскрипт з першою парою акцепторного стебла G1-G72 характеризується такою ж каталітичною ефективністю тирозилювання, що й транс­крипт дикого типу з першою парою акцепторного стебла C1-G72. Цитозин у позиції 72 повністю блокує аміноацилювання транскрипту незалежно від того, гуанозин чи цито­зин знаходиться в першій позиції. Нуклеотидні заміни G72A та G72U також знижують акиепторну активність транскрипту, однак у меньшій мірі, ніж заміна G72C. При цьому залежність акцепторное активності від нуклеотиду в позиції 1 транскрипта залишається слабкою. Зроблено висновок, що внесок першої пары акцепторного стебла в тотожність тРНК у бика пов'язаний, головним чином, з гуанозином-72.
Повний текст: (PDF, російською)

References

[1] McClain WH. Rules that govern tRNA identity in protein synthesis. J Mol Biol. 1993;234(2):257-80.
[2] Hou YM, Schimmel P. Modeling with in vitro kinetic parameters for the elaboration of transfer RNA identity in vivo. Biochemistry. 1989;28(12):4942-7.
[3] Bedouelle H. Recognition of tRNA(Tyr) by tyrosyl-tRNA synthetase. Biochimie. 1990;72(8):589-98.
[4] Sherman JM, Rogers K, Rogers MJ, S?ll D. Synthetase competition and tRNA context determine the in vivo identify of tRNA discriminator mutants. J Mol Biol. 1992;228(4):1055-62.
[5] Bedouelle H, Guez-Ivanier V, Nageotte R. Discrimination between transfer-RNAs by tyrosyl-tRNA synthetase. Biochimie. 1993;75(12):1099-108. Review.
[6] Himeno H, Hasegawa T, Ueda T, Watanabe K, Shimizu M. Conversion of aminoacylation specificity from tRNA(Tyr) to tRNA(Ser) in vitro. Nucleic Acids Res. 1990;18(23):6815-9.
[7] Fechter P, Rudinger-Thirion J, Tukalo M, Gieg? R. Major tyrosine identity determinants in Methanococcus jannaschii and Saccharomyces cerevisiae tRNA(Tyr) are conserved but expressed differently. Eur J Biochem. 2001;268(3):761-7.
[8] Bare LA, Uhlenbeck OC. Specific substitution into the anticodon loop of yeast tyrosine transfer RNA. Biochemistry. 1986;25(19):5825-30.
[9] Lee CP, RajBhandary UL. Mutants of Escherichia coli initiator tRNA that suppress amber codons in Saccharomyces cerevisiae and are aminoacylated with tyrosine by yeast extracts. Proc Natl Acad Sci U S A. 1991;88(24):11378-82.
[10] Chow CM, RajBhandary UL. Saccharomyces cerevisiae cytoplasmic tyrosyl-tRNA synthetase gene. Isolation by complementation of a mutant Escherichia coli suppressor tRNA defective in aminoacylation and sequence analysis. J Biol Chem. 1993;268(17):12855-63.
[11] Fechter P, Rudinger-Thirion J, Th?obald-Dietrich A, Gieg? R. Identity of tRNA for yeast tyrosyl-tRNA synthetase: tyrosylation is more sensitive to identity nucleotides than to structural features. Biochemistry. 2000;39(7):1725-33.
[12] Quinn CL, Tao N, Schimmel P. Species-specific microhelix aminoacylation by a eukaryotic pathogen tRNA synthetase dependent on a single base pair. Biochemistry. 1995;34(39):12489-95.
[13] Fechter P, Gieg? R, Rudinger-Thirion J. Specific tyrosylation of the bulky tRNA-like structure of brome mosaic virus RNA relies solely on identity nucleotides present in its amino acid-accepting domain. J Mol Biol. 2001;309(2):387-99.
[14] Naidenov VG, Vudmaska MI, Matsuka GKh. Kinetic parameters of the tRNATyr transcript aminoacylation by the bovine liver tyrosyl-tRNA synthetase. Biopolym Cell. 2001; 17(6):534-9.
[15] Sampson JR, Uhlenbeck OC. Biochemical and physical characterization of an unmodified yeast phenylalanine transfer RNA transcribed in vitro. Proc Natl Acad Sci U S A. 1988;85(4):1033-7.
[16] Eisenthal R, Cornish-Bowden A. The direct linear plot. A new graphical procedure for estimating enzyme kinetic parameters. Biochem J. 1974;139(3):715-20.
[17] Milligan JF, Groebe DR, Witherell GW, Uhlenbeck OC. Oligoribonucleotide synthesis using T7 RNA polymerase and synthetic DNA templates. Nucleic Acids Res. 1987;15(21):8783-98.