Первинна структура тРНКSer з Thermus thermophilus

Петрушенко, З. М.; Коваленко, О. П.; Мальченко, Н. Н.; Крикливий, І. А.; Яремчук, Г. Д.; Тукало, М. А.

doi:10.7124/bc.00047F

Biopolym. Cell. 1997; 13(3):202-208.

http://dx.doi.org/10.7124/bc.00047F

Структура та функції біополімерів

Первинна структура тРНК^Ser з Thermus thermophilus

1Петрушенко З. М., 1Коваленко О. П., 1Мальченко Н. Н., 1Крикливий І. А., 1Яремчук Г. Д., 1Тукало М. А.

Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680

Abstract

Вивчено нуклеотидні послідовності двох Ізоакцепторних тРНК^Ser із Т. thermophilus, які мають різні антикодони. При порівнянні нуклеотидних послідовностей було встановлено, що гомологія складає 60 %. Основні відмінності стосуються структури варіабельних та антикодонових гілок, у той час як акцепторні стебла та Т-гілки повністю ідентичні, а D-гілки відрізняються лише однією парою нуклеотидів.

Повний текст: (PDF, російською)

References

[1] Asahara H, Himeno H, Tamura K, Nameki N, Hasegawa T, Shimizu M. Escherichia coli seryl-tRNA synthetase recognizes tRNA(Ser) by its characteristic tertiary structure. J Mol Biol. 1994;236(3):738-48.

[2] Asahara H, Himeno H, Tamura K, Hasegawa T, Watanabe K, Shimizu M. Recognition nucleotides of Escherichia coli tRNA(Leu) and its elements facilitating discrimination from tRNASer and tRNA(Tyr). J Mol Biol. 1993;231(2):219-29.

[3] Petrushenko ZM, Tukalo MA, Gudzera OI, Rozhko OT, Matsuka GKh. [Determination of interacting segments of tRNA(Leu) from cow mammary glands with homologous aminoacyl-tRNA-synthetase by a chemical modification method]. Bioorg Khim. 1990;16(12):1647-52.

[4] Dietrich A, Romby P, Mar?chal-Drouard L, Guillemaut P, Gieg? R. Solution conformation of several free tRNALeu species from bean, yeast and Escherichia coli and interaction of these tRNAs with bean cytoplasmic Leucyl-tRNA synthetase. A phosphate alkylation study with ethylnitrosourea. Nucleic Acids Res. 1990;18(9):2589-97.

[5] Tamura K, Asahara H, Himeno H, Hasegawa T, Shimizu M. Identity elements of Escherichia coli tRNA(Ala). J Mol Recognit. 1991;4(4):129-32.

[6] Davanloo P, Sprinzl M, Watanabe K, Albani M, Kersten H. Role of ribothymidine in the thermal stability of transfer RNA as monitored by proton magnetic resonance. Nucleic Acids Res. 1979;6(4):1571-81.

[7] Oshima T, Sakaki Y, Wakayama N, Watanabe K, Ohashi Z, Nishimura S. Biochemical Studies on an Extreme Thermophile Thermus thermophilus: Thermal Stabilities of Cell Constituents and a Bacteriophage. Experientia Supplementum. 1976;317–31.

[8] Watanabe K, Oshima T, Iijima K, Yamaizumi Z, Nishimura S. Purification and thermal stability of several amino acid-specific tRNAs from an extreme thermophile, Thermus thermophilus HB8. J Biochem. 1980;87(1):1-13.

[9] Watanabe K, Oshima T, Nishimura S. CD spectra of 5-methyl-2-thiouridine in tRNA-Met-f from an extreme thermophile. Nucleic Acids Res. 1976;3(7):1703-13.

[10] Horie N, Hara-Yokoyama M, Yokoyama S, Watanabe K, Kuchino Y, Nishimura S, Miyazawa T. Two tRNAIle1 species from an extreme thermophile, Thermus thermophilus HB8: effect of 2-thiolation of ribothymidine on the thermostability of tRNA. Biochemistry. 1985;24(21):5711-5.

[11] Watanabe K, Kuchino Y, Yamaizumi Z, Kato M, Oshima T, Nishimura S. Nucleotide sequence of formylmethionine tRNA from an extreme thermophile, Thermus thermophilus HB8. J Biochem. 1979;86(4):893-905.

[12] Bruce AG, Uhlenbeck OC. Reactions at the termini of tRNA with T4 RNA ligase. Nucleic Acids Res. 1978;5(10):3665-77.

[13] Venkstern T. The primary structure of transfer RNA. M.: Nauka, 1970. 258 p.

[14] Peattie DA. Direct chemical method for sequencing RNA. Proc Natl Acad Sci U S A. 1979;76(4):1760-4.

[15] Donis-Keller H, Maxam AM, Gilbert W. Mapping adenines, guanines, and pyrimidines in RNA. Nucleic Acids Res. 1977;4(8):2527-38.

[16] Vlasov VV, Grachev MA, Komarova NI, Kuz'min SV, Menzorova NI. Microscale ion-exchange chromatography and spectral analysis of oligonucleotides. Mol Biol. 1972;6(6):653-9.

[17] Gehrke CW, Kuo KC. Ribonucleoside analysis by reversed-phase high-performance liquid chromatography. J Chromatogr. 1989;471:3-36.

[18] Sprinzl M, Dank N, Nock S, Sch?n A. Compilation of tRNA sequences and sequences of tRNA genes. Nucleic Acids Res. 1991;19 Suppl:2127-71.

[19] Venegas A. T thermophllus HB8 tRNASer gene. EMBL data bank entry X07394. 1988.

[20] Himeno H, Hasegawa T, Ueda T, Watanabe K, Shimizu M. Conversion of aminoacylation specificity from tRNA(Tyr) to tRNA(Ser) in vitro. Nucleic Acids Res. 1990;18(23):6815-9.

[21] Biou V, Yaremchuk A, Tukalo M, Cusack S. The 2.9 A crystal structure of T. thermophilus seryl-tRNA synthetase complexed with tRNA(Ser). Science. 1994;263(5152):1404-10.

[22] Cusack S, Yaremchuk A, Tukalo M. The crystal structure of the ternary complex of T.thermophilus seryl-tRNA synthetase with tRNA(Ser) and a seryl-adenylate analogue reveals a conformational switch in the active site. EMBO J. 1996;15(11):2834-42.