Biopolym. Cell. 1995; 11(5):37-45.
Термодинаміка взаємодії фенантридинового барвника бромистого етидію з дезокситетрануклеотидом 5'-d(ApCpGpT)
1Веселков О. Н., 1Димант Л. М., 1Болотин П. О., 1Барановський С. Ф., 2Девіс Д.
  1. Севастопольський національний технічний университет
    вул. Університетська, 33, Севастополь, Україна, 99053
  2. Беркбек колледж Лондонского университета
    Малет-стрит, Лондон WC1E 7НХ, Великобритания

Abstract

На імпульсному ЯМР спектрометрі (500 МГц) досліджено температурні залежності хімічних зсувів протонів, що не обмінюються, бромистого стидію в суміші з дезокситетрарибонуклеозидтрифосфатом 5' -d (ApCpGpT) у водному розчині. Використано ори­гінальні методики розрахунку термодинамічних параметрів комплексоутворепня, які дозволяють за умов складної рівноваги у розчині вирізнити внесок у результуючу зміну ентальпії (ΔH) і ентропії (ΔS) кожної з реакцій, які призводять до форму­вання комплексів 1:1, 2:1, 1:,2 і 2:2 молекул барвника і тетрануклеотиду. Визначено вільні енергії Гіббса, ентальпії і ентропії для цих реакцій.

References

[1] Veselkov AN, Djimant LN, Bolotin PA, Baranovsky SF, Veselkov DA, Shipp D, Davies DB. Investigation of the interaction of ethidium bromide with self complementary deoxytetranucleotide 5'-d (ApCpGpT) in aqueous solution by the method of 1H NMR spectroscopy. Biopolym Cell. 1995; 11(3-4):42-54.
[2] Searle M. S. NMR studies of drug-DNA interactions Progr. NMR Spectr 1993 25, N 5:403–480.
[3] Davies DB, Djimant LN, Veselkov AN. 1H NMR thermodynamical analysis of the interactions of proflavine with self-complementary deoxytetranucleotides of different base sequence. Nucleosides Nucleotides.1994;13(1-3):657–71.
[4] Veselkov AN, Dymant LN, Baranovskiy SF et al. The study of self-association of ethidium bromide in an aqueous solution by H-NMR spectroscopy. Khim Fizika. 1994; 13(11):72-80
[5] Veselkov AN, Djimant LN, Davies D, Parkes H, Shipp D. 1D- and 2D-1H NMR investigation of self-association of deoxytetraribonucleoside triphosphates of different base sequence in aqueous solution. Biopolym Cell. 1991; 7(5):15-22.
[6] Djimant LN, Veselkov AN. Thermodynamics of the interaction of acridine dye proflavine deoxytetranucleotide 5'-d (ApCpGpT). Khim Fizika. 1992; 11(7):921-7.
[7] Veselkov AN, Dymant LN, Baranovski? SF. Determination of thermodynamic parameters of proflavine interaction with ribodinucleoside monophosphates CpG and PpC in an aqueous solution from data of proton magnetic resonance. Mol Biol (Mosk). 1987;21(4):1110-6.
[8] Evseev AM, Nikolaeva LS. Mathematical modeling of chemical equilibria. Moscow: Moscow State University, 1988. 192 p.
[9] Davies DB, Djimant LN, Veselkov AN. 1 H NMR structural analysis of the interactions of proflavine with self-complementary deoxytetranucleosides of different base sequence . Nucleosides Nucleotides. 1994;13(1-3):637–55.
[10] Veselkov AN, Djimant LN, Zav'yalova OS et al. Thermodynamic parameters of self-association of the molecules of ethidium bromide solution. Khim Fizika. 1994;13(12): 161-4.
[11] Delbarre A, Roques BP, Le Pecq JB, Lallemand JY, Nguyen-Dat-Xuong. PMR studies of the self-association of DNA intercalating ellipticine derivatives in aqueous solution. Biophys Chem. 1976;4(3):275-9.
[12] Chaires JB. Thermodynamics of the daunomycin-DNA interaction: ionic strength dependence of the enthalpy and entropy. Biopolymers. 1985;24(2):403-19.
[13] Ross PD, Subramanian S. Thermodynamics of protein association reactions: forces contributing to stability. Biochemistry. 1981;20(11):3096-102.
[14] Hopkins HP Jr, Fumero J, Wilson WD. Temperature dependence of enthalpy changes for ethidium and propidium binding to DNA: effect of alkylamine chains. Biopolymers. 1990;29(2):449-59.
[15] Schwaller MA, Dodin G, Aubard J. Thermodynamics of drug-DNA interactions: entropy-driven intercalation and enthalpy-driven outside binding in the ellipticine series. Biopolymers. 1991;31(5):519-27.
[16] Reinert KE. Anthracycline-binding induced DNA stiffening, bending and elongation; stereochemical implications from viscometric investigations. Nucleic Acids Res. 1983;11(10):3411-30.
[17] Sturtevant JM. Heat capacity and entropy changes in processes involving proteins. Proc Natl Acad Sci U S A. 1977;74(6):2236-40.