Biopolym. Cell. 1995; 11(3-4):55-65.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.0003ED
Полімеразна ланцюгова реакція з довільними праимерами
1Календар Р. М., 1Сиволап Ю. М.
  1. Селекційно-генетичний - інститут національний центр нассіннєзнавства та сортовивчення
    Овідіопольська дор., 3, Одеса, Україна, 65036

Abstract

Полімеразна ланцюгова реакція з довільними праймерами має ряд теоретичних та ме­тодичних особливостей. Для враховування деяких з них було запропоновано її ма­тематичну модель і показано динаміку утворення продукта реакції та інших молекул, які беруть участь у цьому процесі. Наведено формулу для обчислення температури ялавління олігонуклеотидних праймерів, що необхідно при розрахунку оптимальної температури реасоціації. На базі ідеалізованої моделі геномної ДНК було розроблено алгоритм та комп'ютерну програму пошуку довільних праймерів. Враховано стати­стичну закономірність певних'поєднань нуклеотидів у праимері, що свідчить про його специфічність при виявленні генетичного поліморфізму. Показано можливість цілеспря­мованого моделювання праймерів.
Повний текст: (PDF, російською)

References

[1] Mullis K, Faloona F, Scharf S, Saiki R, Horn G, Erlich H. Specific enzymatic amplification of DNA in vitro: the polymerase chain reaction. Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 1986;51 Pt 1:263-73.
[2] Debabov VG. Local amplification of nucleic acids--a new method of analysis. Mol Biol (Mosk). 1990;24(2):304-8.
[3] Vartapetian AB. Polymerase chain reaction. Mol Biol (Mosk). 1991;25(4):926-36.
[4] Williams JG, Kubelik AR, Livak KJ, Rafalski JA, Tingey SV. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Res. 1990;18(22):6531-5.
[5] Welsh J, McClelland M. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers. Nucleic Acids Res. 1990;18(24):7213-8.
[6] Caetano-Anollés G. Amplifying DNA with arbitrary oligonucleotide primers. PCR Methods Appl. 1993;3(2):85-94.
[7] Nelson DL, Ledbetter SA, Corbo L, Victoria MF, Ramírez-Solis R, Webster TD, Ledbetter DH, Caskey CT. Alu polymerase chain reaction: a method for rapid isolation of human-specific sequences from complex DNA sources. Proc Natl Acad Sci U S A. 1989;86(17):6686-90.
[8] Versalovic J, Koeuth T, Lupski JR. Distribution of repetitive DNA sequences in eubacteria and application to fingerprinting of bacterial genomes. Nucleic Acids Res. 1991;19(24):6823-31.
[9] Pat. N 5.043.272. USA. Amplification of nucleic acid sequences using oligonucleotides of random sequence as primers. J. L. Hartley, 1991.
[10] Zhang L, Cui X, Schmitt K, Hubert R, Navidi W, Arnheim N. Whole genome amplification from a single cell: implications for genetic analysis. Proc Natl Acad Sci U S A. 1992;89(13):5847-51.
[11] Froussard P. rPCR: a powerful tool for random amplification of whole RNA sequences. PCR Methods Appl. 1993;2(3):185-90.
[12] Caetano-Anollés G, Bassam BJ, Gresshoff PM. DNA Fingerprinting: MAAPing out a RAPD Redefinition? Bio/Technology. 1992;10(9):937–937.
[13] Caetano-Anollés G, Bassam BJ, Gresshoff PM. DNA amplification fingerprinting using very short arbitrary oligonucleotide primers. Biotechnology (N Y). 1991;9(6):553-7.
[14] Sivolap IuM, Kalendar' RN. Genetic polymorphism in barley detected by arbitrary primers. Genetika. 1995;31(10):1358-64.
[15] Caetano-Anollés G, Bassam BJ, Gresshoff PM. DNA amplification fingerprinting: A strategy for genome analysis. Plant Mol Biol Rep. 1991;9(4):294–307.
[16] Tingey SV, del Tufo JP. Genetic analysis with random amplified polymorphic DNA markers. Plant Physiol. 1993;101(2):349-52.
[17] Bassam BJ, Caetano-Anollés G, Gresshoff PM. Fast and sensitive silver staining of DNA in polyacrylamide gels. Anal Biochem. 1991;196(1):80-3.
[18] Rychlik W, Spencer WJ, Rhoads RE. Optimization of the annealing temperature for DNA amplification in vitro. Nucleic Acids Res. 1990;18(21):6409-12.
[19] Breslauer KJ, Frank R, Blöcker H, Marky LA. Predicting DNA duplex stability from the base sequence. Proc Natl Acad Sci U S A. 1986;83(11):3746-50.
[20] Sivolap IuM, Kalendar' RN, Chebotar' SV. The genetic polymorphism of cereals demonstrated by PCR with random primers. Tsitol Genet. 1994;28(6):54-61.
[21] Ferrenberg AM, Landau DP, Wong YJ. Monte Carlo simulations: Hidden errors from "good" random number generators. Phys Rev Lett. 1992;69(23):3382-3384.
[22] Hayes B. The wheet of fortune. Am Sci. 1993; 81:114-8.