Biopolym. Cell. 1985; 1(6):283-292.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000190
Огляди
Олігонуклеотидні послідовності, що вибірково зв’язуються РНК-полімеразою E. соli
1Кнорре В. Л., 1Савинкова Л. К., 1Салганік Р. І.
  1. Інститут цитології і генетики, Сибірського відділення АН СРСР
    Новосибірськ, СРСР

Abstract

Встановлено, що РНК-полімераза Е. coli вибірково зв’язує певні олігонуклеотиди зі статистичних ізоплітних наборів, одержуваних ендонуклеазним гідролізом ДНК або РНК. Зв’язування здійснюється тільки каталітично активним ферментом за умов, оптимальних для транскрипції. При використанні синтетичних олігодезоксирибонуклеотидів показано, що ефективне зв’язування відбувається з олігонуклеотидами, які локалізуються в "–10" області промоторів, що містять блок Прибноу і фланкуючі його нуклеотиди до точки ініціації транскрипції. Олігонуклеотиди, що несуть на 5'-кінці алкілувальні групи, ковалентно зв’язуються з РНК-полімеразою: похідні дезоксиолігонуклеотидів зв’язуються при цьому з σ-субодиницею, а похідні рибоолігонуклеотидів – з β- і β'-субодиницями.
Повний текст: (PDF, російською)

References

[1] Chamberlin MJ. The selectivity of transcription. Annu Rev Biochem. 1974;43(0):721-75.
[2] Kumar SA. The structure and mechanism of action of bacterial DNA-dependent RNA polymerase. Prog Biophys Mol Biol. 1981;38(3):165-210.
[3] Hawley DK, McClure WR. Compilation and analysis of Escherichia coli promoter DNA sequences. Nucleic Acids Res. 1983;11(8):2237-55.
[4] Savinkova LK, Knorre VL, Salganic RI. Selective binding of oligodeoxyribonucleotides with Escherichia coli RNA-polymerase and their effect on DNA-dependent RNA synthesis. Mol Biol (Mosk). 1984;18(3):637-42.
[5] Efimova LI, Knorre VL, Vasilenko SK, Savinkova LK, Salganik RI. Conditions for specific oligoribonucleotide binding with E. coli RNA-polymerase. Mol Biol (Mosk). 1976;10(2):378-85.
[6] Knorre V. L., Vasilenko S. V., Salganik R. I. Specific binding of oligoribonucleotide fractions to E. coli RNA polymerase. FEBS Lett., 1973, 30, N2, p. 229-230.
[7] Savinkova LK, Efimova LIu, Knorre VL, Salganik RI. Selective binding of oligoribonucleotides by T7 phage induced RNA-polymerase. Mol Biol (Mosk). 1978;12(6):1313-8.
[8] Knorre VL, Efimova IIu, Salganik RI. Effect of oligoribonucleotides specifically bound by E. coli RNA-polymerase on DNA-dependent RNA synthesis. Mol Biol (Mosk). 1976;10(2):604-8.
[9] Savinkova LK, Knorre VL, Salganik RI. Selective binding of specific nucleotide sequences of the promotors of Escherichia coli and phage T7 genes with the corresponding RNA-polymerases. Dokl Akad Nauk SSSR. 1983;270(6):1501-4.
[10] Smith DA, Martinez AM, Ratliff RL, Williams DL, Hayes FN. Template-induced dissociation of ribonucleic acid polymerase. Biochemistry. 1967;6(10):3057-64.
[11] Hansen UM, McClure WR. Role of the sigma subunit of Escherichia coli RNA polymerase in initiation. I. Characterization of core enzyme open complexes. J Biol Chem. 1980;255(20):9556-63.
[12] Gojobori T, Nei M. Inter-RNA homology and possible roles of small RNAs. J Mol Evol. 1981;17(4):245-50.
[13] Chamberlin M, McGrath J, Waskell L. New RNA polymerase from Escherichia coli infected with bacteriophage T7. Nature. 1970;228(5268):227-31.
[14] Scherer GE, Walkinshaw MD, Arnott S. A computer aided oligonucleotide analysis provides a model sequence for RNA polymerase-promoter recognition in E.coli. Nucleic Acids Res. 1978;5(10):3759-73.
[15] Bogachev VS, Grineva HI, Lomakina TS. Alkylation of nucleic acids and their components. XIII. Alkylation of guanosine and tRNA 4-N-2-chloroethyl N-methylamino) benzylamine and 5-[4-N2-chloroethyl N-methylamino) benzyl]-phosphamide uridine. Izv. SO AN SSSR. 1973; 9(4):97-104.