Biopolym. Cell. 2016; 32(5):377-380.
Вирусы и клетка
Филогенетический анализ вирусов гриппа A (H1N1) ДПМ, эпидемии 2014-2015 в Украине
1Радченко Л. В., 1, 2Смутько О. Ю., 1Фесенко А. Ю., 1Мироненко А. П.
  1. ГУ «Институт эпидемиологии и инфекционных болезней им. Л. В. Громашевского НАМН Украины»
    ул. Амосова, 5, Киев, Украина, 03038
  2. Учебно-научный центр «Институт биологии»
    Киевского национального университета имени Тараса Шевченко
    ул. Владимирская, 64/13, Киев, Украина, 01601

Abstract

Цель. Молекулярный и филогенетический анализ пандемических вирусов гриппа A(H1N1), которые циркулировали в Украине на протяжении 2014-2015 годов. Методы. Образцы были проанализированы методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) в реальном времени. Филогенетические деревья построили в программе MEGA 6. Результаты. Сиквенсы украинских изолятов вирусов гриппа A(H1N1)pdm были подобными к вакцинному штамму A/California/07/2009. Большинство штаммов принадлежа-ли к клайду 6В. Среди исследованных изолятов обнаружили мутацию H275Y в гене нейраминидазы. Выводы. Основываясь на сиквенсах генов HA и NA вирусов гриппа, построили филогенетические деревья. Украинский вирус, изолированный в сезоне 2014-2015 годов имел специфическую мутацию, которую ассоциируют с устойчивостью к противовирусным препаратам, таким как осельтамивир.
Keywords: вирусы гриппа A(H1N1)pdm, мутация, филогенетический анализ, изолят

References

[1] Ramos AP, Herrera BA, Ramírez OV, García AA, Jiménez MM, Valdés CS, Fernández AG, González G, Fernández SI, Báez GG, Espinosa BH. Molecular and phylogenetic analysis of influenza A H1N1 pandemic viruses in Cuba, May 2009 to August 2010. Int J Infect Dis. 2013;17(7):e565-7.
[2] Barrero PR, Viegas M, Valinotto LE, Mistchenko AS. Genetic and phylogenetic analyses of influenza A H1N1pdm virus in Buenos Aires, Argentina. J Virol. 2011;85(2):1058-66.
[3] Parida M, Dash PK, Kumar JS, Joshi G, Tandel K, Sharma S, Srivastava A, Agarwal A, Saha A, Saraswat S, Karothia D, Malviya V. Emergence of influenza A (H1N1)pdm09 genogroup 6B and drug resistant virus, India, January to May 2015. Euro Surveill. 2016;21(5):6-11.
[4] World Health Organization (WHO). CDC protocol of realtime RT-PCR for infl uenza H1N1. World Health Orga ni zation, Geneva, Switzerland. 30 April 2009.
[5] Oh DY, Barr IG, Mosse JA, Laurie KL. MDCK-SIAT1 cells show improved isolation rates for recent human influenza viruses compared to conventional MDCK cells. J Clin Microbiol. 2008;46(7):2189-94.
[6] Saitou N, Nei M. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol Biol Evol. 1987;4(4):406-25.
[7] Kimura M. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. J Mol Evol. 1980;16(2):111-20.
[8] Felsenstein J. Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap. Evolution. 1985;39(4):783-91.
[9] Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Mol Biol Evol. 2013;30(12):2725-9.
[10] Kilander A, Rykkvin R, Dudman SG, Hungnes O. Observed association between the HA1 mutation D222G in the 2009 pandemic influenza A(H1N1) virus and severe clinical outcome, Norway 2009-2010. Euro Surveill. 2010;15(9). pii: 19498.
[11] Lackenby A, Hungnes O, Dudman SG, Meijer A, Paget WJ, Hay AJ, Zambon MC. Emergence of resistance to oseltamivir among influenza A(H1N1) viruses in Europe. Euro Surveill. 2008;13(5). pii: 8026.