Конформація операторної ділянки OR3 фага λ і його фрагмента у водних і водно-трифторетанольних розчинах
DOI:
https://doi.org/10.7124/bc.0001A3Анотація
Круговий дихроїзм (КД) використано для вивчення конформації синтетичного дезоксиолігонуклеотиду із 17 пар основ, який є оператором OR3 фага λ, і його 9-членного фрагмента5 'TATCCCTT | GCGGTGATA |
3 'ATAGGGAA | CGCCACTAT |
Визначено області стійкості дволанцюгового стану для цих дуплексів. Конформації коротких фрагментів ДНК у водних розчинах визначаються різними концентраціями NaCl. Показано існування їх у межах B-форми. Кооперативні зміни у спектрах КД спостерігаються в трифторетанолі (TFE) рішення з TFE концентрації типових для кожного і яке, як передбачається, пов’язане з B?A-переходом. B-форми стабілізації пари контактної бази оцінюються за допомогою теорії B?A-переходу. Кожна пара контактної бази стабілізує форму B на величину ~ 1,7 ккал/моль.
Посилання
Ivanov VI, Minchenkova LE, Schyolkina AK, Poletayev AI. Different conformations of double-stranded nucleic acid in solution as revealed by circular dichroism. Biopolymers. 1973;12(1):89-110.
Minchenkova LE, Zimmer Ch. Reversion of theB toA transition of DNA induced by specific interaction with the oligopeptide distamycin A. Biopolymers. 1980; 19(4):823-31.
Ivanov VI, Krylov DYu, Minyat EE, Minchenkova LE. B-A transition in DNA. J Biomol Struct Dyn. 1983;1(2):453-60.
Seth AK, Jay E. A study of the efficiency and the problem of sulfonation of several condensing reagents and their mechanisms for the chemical synthesis of deoxyoligoribonucleotides. Nucleic Acids Res. 1980;8(22):5445-59.
Maxam AM, Gilbert W. A new method for sequencing DNA. Proc Natl Acad Sci U S A. 1977;74(2):560-4.
Vedenov A, Dykhne A, Frank-Kamenetskii M. The helix -coil transition in DNA. Uspekhi fizicheskikh nauk. 1971; 105(3):479-519.
Malenkov G, Minchenkova L, Minyat E, Schyolkina A, Ivanov V. The nature of the B-A transition of DNA in solution. FEBS Lett. 1975;51(1):38-42.
Ivanov VI, Minchenkova LE, Minyat EE, Frank-Kamenetskii MD, Schyolkina AK. The B to A transition of DNA in solution. J Mol Biol. 1974;87(4):817-33.
