Належна практика розробки програмного забезпечення покращує цитування інструментів RNA seq

Анотація

Мета. Секвенування РНК (RNA–seq) стало зразковою технологією в біології та клінічних застосуваннях, перевершуючи інші протоколи транскриптомічного профілювання завдяки своїй точності та точності в характеристиці транскриптомів. У міру того, як аналіз RNA–seq набуває популярності та стає важливим компонентом майбутньої прецизійної медицини, вивчення розробки програмного забезпечення та практик відкритої науки, що використовуються інструментами RNA–seq, є необхідним для забезпечення та підвищення точності отриманих результатів. Висновки. На додаток до практики розробки програмного забезпечення, життєво важливо дотримуватися найкращих практик порівняльного аналізу та валідації розроблених інструментів. В ідеалі, нещодавно розроблений інструмент слід порівнювати з усіма раніше розробленими інструментами, але наразі невідомо, чи широко поширена ця практика в співтоваристві біоінформатики. Вивчення цих досліджень є життєво важливим для розробки інструментів RNA–seq, які можуть не тільки підвищити точність і ретельність усіх майбутніх порівняльних досліджень, але й заохотити розробників інструментів брати участь у більш повному порівняльному аналізі під час випуску своїх інструментів. Висвітлюючи перспективні тенденції у сфері юзабіліті, доступності, ремонтопридатності та практик порівняльного аналізу, ми прагнемо заохочувати ширше впровадження цих найкращих практик у спільноті біомедичних досліджень. Ці колективні зусилля в кінцевому підсумку призведуть до розробки більш точних, надійних і зручних для користувача інструментів RNA-seq в майбутньому.