Оцінювання представленості генома мікроорганізмів у різних референтних базах даних: комплексна оцінка

Анотація

Мета. Дослідження метагеноміки можуть дати значне уявлення про склад, різноманітність і функції змішаних мікробних спільнот, що зустрічаються в різних середовищах. Щоб ідентифікувати види бактерій, зчитування зразків зіставляються з посиланнями, які знаходяться в базах даних бактерій. Декільком посиланням можуть бути присвоєні однакові таксономічні ідентифікатори, але ці посилання можуть містити різну геномну інформацію. Цей проект був розроблений для виявлення та виправлення невідповідностей у базах даних про бактерії шляхом порівняння назв видів та геномного представлення для трьох найбільш часто використовуваних бактеріальних референтних баз даних (PATRIC, RefSeq та Ensembl). У нашому першому дослідженні «Поліпшення зручності та повноти баз даних мікроорганізмів» [1] розглядалася відповідність баз даних, заснованих виключно на назвах видів. Ми розширили це дослідження, щоб порівняти не лише назви видів, а й геноми бактерій та оцінити їхню схожість. Висновки. Відсутність збігу видів і родів не тільки підриває точність метагеномного аналізу, але й підкреслює критичну потребу в стандартизованій інтеграції існуючих баз даних. Наш аналіз не тільки покращить ідентифікацію та характеристику мікробного життя, але й покращить порівнянність та строгість метагеномних досліджень.