Комплексне порівняльне дослідження вирівнювачів даних секвенування репертуару адаптивних імунних рецепторів

Автор(и)

  • Ф. Іордачі ВОШ Стенфордського університету Бродвей, 415, Редвуд-Сіті, Каліфорнія 94063, США Автор
  • А. Адамян Завен і Соня Акян Коледж науки та інженерії, Американський університет Вірменії Просп. Маршала Баграмяна, 40, Єреван, Вірменія, 0019 Автор
  • С. Бостан Нова школа Міжнародна школа Грузії Шосе Цкнеті, 35, Тбілісі, Грузія, 0162 Автор
  • У. Кректун Національний технічний університет України "Київський політехнічний інститут імені Ігоря Сікорського" Просп. Берестейський, 37, Київ, Україна, 03056 Автор
  • Л. Калужак Стефан чел Маре Університет Сучави Університетська вулиця, 13, Сучава, Румунія, 720229 Автор
  • К. Думітреску Стефан чел Маре Університет Сучави Університетська вулиця, 13, Сучава, Румунія, 720229 Автор

DOI:

https://doi.org/10.7124/bc.000AFC

Ключові слова:

репертуар адаптивних імунних рецепторів, Т клітини, вузлове різноманіття

Анотація

Мета. Надійність аналізу даних секвенування адаптивного імунного рецептора (AIRR–Seq) залежить від продуктивності інструментів вирівнювання, але через часту неузгодженість вихідних форматів та користувацького досвіду все ще відсутнє об'єктивне порівняння вирівнювачів даних AIRR. Таким чином, тут ми прагнули провести порівняльний аналіз найбільш широко використовуваних інструментів аналізу даних AIRR–Seq – HighV–Quest, IgBlast і MiXCR – і оцінити їх точність вирівнювання [1, 2]. Висновки. Наше дослідження показує, що на основі виклику перекриття V–регіону, IgBlast досягає найкращої продуктивності, за якими слідують HighV–Quest та MiXCR відповідно. Ми також демонструємо, що розподіл генів V–регіону у зчитуванні не має статистично значущого впливу на результат картування кожного зчитування.

Посилання

Bolotin DA, Poslavsky S, Mitrophanov I, Shugay M, Mamedov IZ, Putintseva EV, Chudakov DM. MiXCR: software for comprehensive adaptive immunity profiling. Nat Methods. 2015; 12(5):380-1.

Ye J, Ma N, Madden TL, Ostell JM. IgBLAST: an immunoglobulin variable domain sequence analysis tool. Nucleic Acids Res. 2013;41(Web Server issue):W34-40.

biopolym.cell-2024-40-3-cover.png

Завантаження

Опубліковано

2024-09-10

Номер

Том 40 № 3 (2024)

Розділ

Хроніка та інформація