Скринінг та структурна інженерія рибозимів ларіат-кепінгу для використання як альтернативної системи 5'-кепінгу мРНК

Анотація

Мета. Ідентифікація нативних та структурно-інженерних варіантів LCRs з більш швидкою кінетикою обробки та підвищеним кепінгом ларіату, а також їх використання для трансляції мРНК у клітинах. Висновки. Система трансляції без кепінгу, побудована з функціонально зв'язаного ларіат-кепінг-рибозиму і вірусного IRES, значно збільшила загальне виробництво білка в порівнянні з конфігурацією, призначеною тільки для IRES, при цьому все ще поступаючись ко-трансляційному кепінгу з ARCA. Структурна інженерія DiLCR stems шляхом модуляції їх термодинамічної стабільності дозволила нам контролювати співвідношення продуктів розщеплення ларіату та варіанти дизайну з майже кількісним обмеженням, досяжним in vitro, що призвело до збільшення накопичення білка в аналізі трансляції на основі клітин. Альтернативні комбінації репортерів LCR-IRES демонструють високу залежність функціональної активності від контексту послідовності, можливо, через інтерференцію середовища взаємного згортання/взаємодії.