Чи дозволяє неемпірична квантова хімія зрозуміти природу пуриново-пуринових помилок, яких припускається реплікативна ДНК-полімераза?
DOI:
https://doi.org/10.7124/bc.000763Ключові слова:
реплікативна ДНК-полімераза, пуриново-пуринові помилки біосинтезу ДНК, неемпірична квантова хіміяАнотація
Запропоновано новий підхід щодо з’ясування молекулярних механізмів помилкового синтезу пуриново-пуринових пар високоточними ДНК-полімеразами, який реалізовано з використанням неемпіричної квантової хімії на рівні теорії MP2/6-311++G(d, p)//B3LYP/6-31G(d, p).Посилання
Poltev VI, Shuliupina NV, Bruskov VI. [Molecular mechanisms of nucleic acid biosynthesis validity. Comparison of results of computer modeling with experimental data]. Mol Biol (Mosk). 1998;32(2):268-76. Russian.
Beard WA, Wilson SH. Structure and mechanism of DNA polymerase beta. Chem Rev. 2006; 106(2):361–82.
Kunkel TA, Bebenek K. DNA replication fidelity. Annu Rev Biochem. 2000;69:497-529.
Beard WA, Wilson SH. Structural insights into DNA polymerase ? fidelity: hold tight if you want it right. Chem Biol. 1998;5(1):R7–R13.
Tikhomirova A, Beletskaya IV, Chalikian TV. Stability of DNA duplexes containing GG, CC, AA, and TT mismatches. Biochemistry. 2006;45(35):10563-71.
Topal MD, Fresco JR. Complementary base pairing and the origin of substitution mutations. Nature. 1976;263(5575):285-9.
Ahn J, Werneburg BG, Tsai MD. DNA polymerase beta: structure-fidelity relationship from Pre-steady-state kinetic analyses of all possible correct and incorrect base pairs for wild type and R283A mutant. Biochemistry. 1997;36(5):1100-7.
Kretulskie AM, Spratt TE. Structure of purine-purine mispairs during misincorporation and extension by Escherichia coli DNA polymerase I. Biochemistry. 2006;45(11):3740-6.
