Формамід і гліцерин у секвенуванні GC-багатої ДНК

Автор(и)

  • С. М. Кваша Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680; Центр геноміки і біоінформатики, Каролінський інститут Стокгольм , Швеція, 171 77 Автор
  • Є. Р. Забаровський Центр геноміки і біоінформатики, Каролінський інститут Стокгольм , Швеція, 171 77; Відділ мікробіології, пухлини і клітинної біології, Каролінський інститут Нобелівська дорога 5, Солна, Швеція, 171 65; Інститут молекулярної біології ім. В. А. Енгельгардта РАН вул. Вавилова, 32, Москва, Російська Федерація, 119991 Автор
  • В. І. Кашуба Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680; Центр геноміки і біоінформатики, Каролінський інститут Стокгольм , Швеція, 171 77; Відділ мікробіології, пухлини і клітинної біології, Каролінський інститут Нобелівська дорога 5, Солна, Швеція, 171 65 Автор
  • А. В. Риндич Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680 Автор

DOI:

https://doi.org/10.7124/bc.0005B5

Анотація

Відомо, що формамід та гліцерин підвищують ефективність секвенування. В даній роботі порівняно вплив різних концентрацій формаміду та гліцерину на секвенування GC-багатих матриць і показано, що найефективнішим є додавання до реакційної суміші 5 % формаміду або 7,5–10 % гліцерину.

Посилання

Kozak M. An analysis of vertebrate mRNA sequences: intimations of translational control. J Cell Biol. 1991;115(4):887-903.

Hengen PN. Cycle sequencing through GC-rich regions. Trends Biochem Sci. 1996;21(1):33-4.

Agarwal RK, Perl A. PCR amplification of highly GC-rich DNA template after denaturation by NaOH. Nucleic Acids Res. 1993;21(22):5283-4.

Sun Y, Hegamyer G, Colburn NH. PCR-direct sequencing of a GC-rich region by inclusion of 10% DMSO: application to mouse c-jun. Biotechniques. 1993;15(3):372-4.

Zhang W, Reading C, Deisseroth AB. Improved PCR sequencing with formamide. Trends Genet. 1992;8(10):332.

Zhang W, Hu GY, Deisseroth A. Improvement of PCR sequencing by formamide. Nucleic Acids Res. 1991;19(23):6649.

biopolym.cell-2001-17-3-cover.png

Завантаження

Опубліковано

2001-05-20

Номер

Том 17 № 3 (2001)

Розділ

Короткі повідомлення