Biopolym. Cell. 2024; 40(4):278-287.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000B06
Геноміка, транскриптоміка та протеоміка
Моніторинг та філогенетичний аналіз ізолятів Сucumber mosaic virus виділених з рослин родини Сucurbitaceae в Україні
1Цвігун В. О., 1Гуменюк І. І., 1Левішко А. С.
  1. Інститут агроекології і природокористування НААН
    вул. Метрологічна, 12, Київ, Україна, 03143

Abstract

Мета. Провести моніторинг та філогенетичний аналіз виділених ізолятів вірусу огіркової мозаїки з агроценозів України. Методи. Імуноферментний аналіз, ЗТ-ПЛР, сиквенування та філогенетичний аналіз. Результати. Було обстежено агроценози різних регіонів України та відібрано рослини родини Cucurbitaceae із наявними проявами вірусних хвороб. За допомогою імуноферментного аналізу перевірено 131 зразок рослин родини Cucurbitaceae та виявлено антигени вірусу огіркової мозаїки (CMV). У результаті проведення ЗТ–ПЛР було отримано продукти ампліфікації розміром 500 п. о., що відповідає за розміром послідовності гену капсидного білка вірусу огіркової мозаїки. За результатами даних сиквенсу побудовано філогенетичне дерево виділених ізолятів CMV. Висновки. Встановлено, що українські ізоляти CMV виділені з рослин родини Cucurbitaceae представлені лише у кластері групи І підгрупи ІА і ІВ. Найбільш спорідненими до українських ізолятів виявилися штами Т35 і Т19 (Китай), штам I17F (Франція) та banana (Ізраїль).
Keywords: Bromoviridae, вірус огіркової мозаїки, ген капсидного білку, філогенетичний аналіз
Повний текст: (PDF, англійською)

References

[1] Arafati N, Farzadfar S, Pourrahim R. Characterization of coat protein gene of Cucumber mosaic virus isolates in Iran. Iran J Biotech. 2013; 11(2):109-14.
[2] Mauck KE, De Moraes CM, Mescher MC. Biochemical and physiological mechanisms underlying effects of Cucumber mosaic virus on host-plant traits that mediate transmission by aphid vectors. Plant Cell Environ. 2014; 37(6):1427-39.
[3] Ali A, Kobayashi M. Seed transmission of Cucumber mosaic virus in pepper. J Virol Methods. 2010; 163(2):234-7.
[4] Shevchenko TP, Tymchyshyn OV, AlDalain E, Bysov AS, Budzanivska IG, Shevchenko OV, Polishchuk VP. The first evidence of subgroup IB isolates of Cucumber mosaic virus in Ukraine. Biopolym Cell. 2015; 31(1):57-62.
[5] Roossinck MJ. Evolutionary history of Cucumber mosaic virus deduced by phylogenetic analyses. J Virol. 2002; 76(7):3382-7.
[6] Shevchenko TP, Tymchyshyn OV, Kosenko IA, Budzanivska IG, Shevchenko OV, Polishchuk VP. Molecular characterization and phylogenetic analysis of Ukrainian isolates of Cucumber mosaic virus based on the partial sequences of three genes. Biopolym Cell. 2018; 34(1):32-40.
[7] Hsu HT, Barzuna L, Hsu YH, Bliss W, Perry KL. Identification and Subgrouping of Cucumber mosaic virus with Mouse Monoclonal Antibodies. Phytopathology. 2000; 90(6):615-20.
[8] Roossinck MJ, Zhang L, Hellwald KH. Rearrangements in the 5' nontranslated region and phylogenetic analyses of cucumber mosaic virus RNA 3 indicate radial evolution of three subgroups. J Virol. 1999; 73(8):6752-8.
[9] Clark MF, Adams AN. Characteristics of the microplate method of enzyme-linked immunosorbent assay for the detection of plant viruses. J Gen Virol. 1977; 34(3):475-83.
[10] Berniak H, Malinowski T, Kaminska M. Comparison of ELISA and RT-PCR assays for detection and identification of cucumber mosaic virus (CMV) isolates infecting horticultural crops in Poland. J Fruit Ornam Plant Res. 2009; 17(2):5-20.
[11] QIAGENR. One step RT-PCR Kit Handbook. - Quiagen, 2002. -39p.
[12] RNeasyR. Mini Handbook. RNeasyR. Qiagen; 2006. 83 p.
[13] Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Mol Biol Evol. 2013; 30(12):2725-9.
[14] Lecoq H, Desbiez C. Viruses of cucurbit crops in the Mediterranean region: an ever-changing picture. Adv Virus Res. 2012; 84:67-126.
[15] Kim M-K, Kwak H-R, Jeong S-G, Ko S-J, Lee S-H, Kim J-S, Kim K-H, Choi J-K, Choi Ho-S, Cha B-J. Characteristics of Cucumber mosaic virus Infecting Zucchini in Korea. Plant Pathol J. 2010; 26(2):139-48.
[16] Kumari R, Bhardwaj P, Singh L, Zaidi AA, Hallan V. Biological and Molecular Characterization of Cucumber mosaic virus Subgroup II Isolate Causing Severe Mosaic in Cucumber. Indian J Virol. 2013; 24(1):27-34.
[17] García-Arenal F, Escriu F, Aranda MA, Alonso-Prados JL, Malpica JM, Fraile A. Molecular epidemiology of Cucumber mosaic virus and its satellite RNA. Virus Res. 2000; 71(1-2):1-8.