Biopolym. Cell. 1988; 4(1):15-20.
Структура та функції біополімерів
Спричинена адсорбцією лігандів інверсія відносної стабільності АТ- і GC-пар основ ДНК
1Ландо Д. Ю., 1Фрідман А. С., 1Шпаковський А. Г., 1Ахрєм А. А.
  1. Інститут біоорганічної хімії АН Білоруської РСР
    Мінськ, СРСР

Abstract

Теоретично досліджується інверсія відносної стабільності AT-і GC-пар підстав комплексів блокової ДНК з лігандами, що характеризуються дальнім порядком взаємодії при адсорбції, і ДНК з випадковою послідовністю пар основ з контактно взаємодіючими лігандами. Показано, що обидва типи взаємодії лігандів з ДНК обумовлюють нелінійність залежності температури плавлення від GC-змісту (Тm (х)), що викликає значне збільшення ширини температурного інтервалу переходу (ΔT) в точці інверсії. Встановлено, що тільки непротяжних невзаимодействующие між собою при адсорбції на ДНК ліганди, що зв'язуються сильніше з межами між спіральними і розплавленими ділянками, здатні викликати збільшення AT в точці інверсії при лінійності залежності Тm (х).

References

[1] Voskoboinik AD, Monaselidze DR, Mgeladze GN, Chanchalashvili ZI, Lazurkin IuS, Frank-kamenetskii IM. Study of DNA melting in the region of the inversion of relative stability of AT and GC pairs. Mol Biol (Mosk). 1975;9(5):783-90.
[2] Belintsev BN, Vologodskii AV, Frank-Kamenetskii MD. Influence of base sequence on the stability of the double helix of DNA. Mol Biol (Mosk). 1976;10(4):629-33.
[3] Akhrem AA, Lando DIu. Effect of selectively reacting ligands on the helix-coil transition of DNA. III. Calculation of the melting curves of DNA-ligand complexes. Mol Biol (Mosk). 1981;15(5):1083-92.
[4] Lando DYu, Shpakovskiy AG, Akhrem AA. The effect of long-range interactions between adsorbed ligands on the DNA helix-coil transition. Vestsi Akad nauk Bel. SSR. Ser. Khim. Nauk. 1984; 5:21-3.
[5] Akhrem AA, Fridman AS, Lando DYu. Theory of helix-coil transition of the heterogeneous DNA-heteroqeneous ligands complexes. Biopolym. Cell. 1985; 1(4):171-9.
[6] Lando DIu, Kul'ba AM, Akhrem AA. Effect of selectively reacting ligands on the helix-coil transition of DNA. IV. Heat denaturation of DNA in an acid medium. Mol Biol (Mosk). 1981;15(5):1093-1101.
[7] Lando DYu, Friedman AS. Cooperative contact interaction between the ligands adsorbed on DNA, causes a decrease in the width of the melting range. Thes. of reports. V All-Union conf. on spectroscopy for biopolymers. Kharkiv, 1984; 251.
[8] Tachibana H, Wada A. Ligand-induced melting reaction of specific-sequence DNA molecules. Biopolymers. 1982;21(9):1873-85.
[9] Lyubchenko YL, Frank-Kamenetskii MD, Vologodskii AV, Lazurkin YS, Gause GG Jr. Fine structure of DNA melting curves. Biopolymers. 1976;15(6):1019-36.
[10] Raukas E, R?im T. Thermal denaturation of distamycin A--DNA complexes as followed by hyperchromic spectra. Biophys Chem. 1980;11(2):233-7.
[11] Blagoi IuP, Sorokin VA, Valeev VA, Gladchenko GO. Characteristics of the spiral sphere transition in DNA in a region of inversion of the relative stability of GC- and AT-pairs caused by Cu2+ and Mn2+ ions. Dokl Akad Nauk SSSR. 1978;240(2):459-62.
[12] Melchior WB Jr, Von Hippel PH. Alteration of the relative stability of dA-dT and dG-dC base pairs in DNA. Proc Natl Acad Sci U S A. 1973;70(2):298-302.
[13] Record MT Jr, Woodbury CP, Inman RB. Characterization of rodlike RNA fragments. Biopolymers. 1975;14(2):393-408.
[14] Woodbury CP, Record MT. A range of G+C-independent denaturation solvents for DNA. Biopolymers 1975; 14(11):2417-20.
[15] Monaselidze DR, Mgeladze GN. Thermal properties of DNA and polydeoxyribonucleotides in a wide range of ionic concentration of neutral salts and a polymer. Biofizika. 1977;22(5):950-8. Russian.
[16] Shapiro JT, Stannard BS, Felsenfeld G. The binding of small cations to deoxyribonucleic acid. Nucleotide specificity. Biochemistry. 1969;8(8):3233-41.
[17] Gabrielian AG. Conformational transitions of DNA in concentrated neutral salt solutions. Biofizika. 1979;24(4):620-32.