Biopolym. Cell. 2019; 35(5):333-339.
Біомедицина
Панель STR-маркерів для аналізу зчеплення та CNV хромосомної ділянки 6p21.31
1Грищенко Н. В., 2Кіріченкова О. П., 1Гордіюк В. В., 1Кравченко С. А., 1, 3Кашуба В. І.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03143
  2. Навчально-науковий центр «Інститут біології та медицини»
    Київського національного університету імені Тараса Шевченка
    вул. Володимирська, 64/13, Київ, Україна, 01601
  3. Каролінський інститут
    Стокгольм SE-171 77, Швеція

Abstract

Мета. Створення панелі інформативних STR-маркерів локусу HLA для аналізу геномних перебудов при різних типах злоякісних пухлин, а також для вибору HLA-сумісного спорідненого донора для алогенних трансплантацій. Методи. Попередній скринінг шести передбачуваних STR-маркерів, розташованих в проксимальному, центральному та дистальному відділах хромосомної області HLA (6p21.31), проводили за допомогою електрофорезу ПЛР-фрагментів в агарозному гелі. Точне генотипування найбільш перспективних STR-маркерів проводилося шляхом електрофоретичного фракціонування ПЛР-фрагментів в поліакриламідному гелі на автоматичному лазерному аналізаторі. Результати. На підставі отриманих результатів відібрано три STR-локуса з найвищими індексами гетерозиготности (ІГ): D6S2678 – HLA класу I (ІГ = 91,4 %), DQIV – класу II (ІГ = 62,8 %) і D6S2925 – класуIII ( ІГ = 74,3 %) в якості потенційних маркерів для дослідження внутрісімейного зчеплення і аналізу CNV. Висновки. Продемонстровано, що обрана панель маркерів дозволяє ефективно вирішувати обидва завдання: виявлення соматичних реорганізацій в різних ділянках локусу HLA в зразках пухлин і визначення HLA-гаплотипу для вибору підходящого родинного донора для трансплантації.

References

[1] Chowell D, Morris LGT, Grigg CM, Weber JK, Samstein RM, Makarov V, Kuo F, Kendall SM, Requena D, Riaz N, Greenbaum B, Carroll J, Garon E, Hyman DM, Zehir A, Solit D, Berger M, Zhou R, Rizvi NA, Chan TA. Patient HLA class I genotype influences cancer response to checkpoint blockade immunotherapy. Science. 2018;359(6375):582-587.
[2] Doonan BP, Haque A. Prostate Cancer Immunotherapy: Exploiting the HLA Class II Pathway in Vaccine Design. J Clin Cell Immunol. 2015;6(4). pii: 351.
[3] Scepanovic P, Alanio C, Hammer C, Hodel F, Bergstedt J, Patin E, Thorball CW, Chaturvedi N, Charbit B, Abel L, Quintana-Murci L, Duffy D, Albert ML, Fellay J; Milieu Intérieur Consortium. Human genetic variants and age are the strongest predictors of humoral immune responses to common pathogens and vaccines. Genome Med. 2018;10(1):59.
[4] Howard CA, Fernandez-Vina MA, Appelbaum FR, Confer DL, Devine SM, Horowitz MM, Mendizabal A, Laport GG, Pasquini MC, Spellman SR. Recommendations for donor human leukocyte antigen assessment and matching for allogeneic stem cell transplantation: consensus opinion of the Blood and Marrow Transplant Clinical Trials Network (BMT CTN). Biol Blood Marrow Transplant. 2015;21(1):4-7.
[5] Willems T, Gymrek M, Highnam G; 1000 Genomes Project Consortium, Mittelman D, Erlich Y. The landscape of human STR variation. Genome Res. 2014;24(11):1894-904.
[6] Kashuba V, Dmitriev AA, Krasnov GS, Pavlova T, Ignatjev I, Gordiyuk VV, Gerashchenko AV, Braga EA, Yenamandra SP, Lerman M, Senchenko VN, Zabarovsky E. NotI microarrays: novel epigenetic markers for early detection and prognosis of high grade serous ovarian cancer. Int J Mol Sci. 2012;13(10):13352-77.
[7] Fesai OA, Kravchenko SA, Tyrkus MY, Makukh GV, Zinchenko VM, Strelko GV, Livshits LA. CAG polymorphism of the androgen receptor gene in azoospermic and oligozoospermic men from Ukraine. Cytol Genet. 2009; 43:401–5.
[8] Bick SL, Bick DP, Wells BE, Roesler MR, Strawn EY, Lau EC. Preimplantation HLA haplotyping using tri-, tetra-, and pentanucleotide short tandem repeats for HLA matching. J Assist Reprod Genet. 2008;25(7):323-31.
[9] Cullen M, Malasky M, Harding A, Carrington M. High-density map of short tandem repeats across the human major histocompatibility complex. Immunogenetics. 2003;54(12):900-10.
[10] Deakin JE, Papenfuss AT, Belov K, Cross JG, Coggill P, Palmer S, Sims S, Speed TP, Beck S, Graves JA. Evolution and comparative analysis of the MHC Class III inflammatory region. BMC Genomics. 2006;7:281.