Biopolym. Cell. 2018; 34(5):374-386.
Біоорганічна хімія
N-алкіларил бензотіазол стирилціанінові барвники для флуоресцентної детекції нуклеїнових кислот
1Куперман М. В., 1Снігірьова Є. В., 1Криворотенко Д. В., 1Лосицький М. Ю., 1Ковальська В. Б., 1Ярмолюк С. М.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03143
Мета. Синтезувати і охарактеризувати у якості флуоресцентних зондів на нуклеїнові кислоти (НК) серію нових N-алкіларил функціоналізованих бензтіазол стирилціанінових барвників. Методи. Синтез, флуоресцентна і абсорбційна спектроскопія, метод гель-електрофорезу. Результати. Різні термінальні арильні групи в N-алкіл позиції барвника незначно впливають на його флуоресцентні властивості. Барвники, що мають слабку флюоресценцію у вільному стані, значно підвищують емісію при зв'язуванні з длДНК / РНК (до 83 раз при зв'язуванні Sbt1 з N-алкілбензиламінною групою з ДНК, його константа зв'язування (Kb) – 5.0×104 M–1, межа визначення длДНК в розчині – 6.2×10–7 М п.о. (0.4 µg)). У комплексі з ДНК квантові виходи стирилціанінів є середніми (до ~22%). Структура термінальної ароматичної групи в N-заміснику може визначати здатність барвника відрізняти длДНК від РНК, наприклад у Sbt2 з N-алкілфенантроліновою групою емісія зростає в 14 і 55 рази відповідно. Показано, що пост-електрофоретичне забарвлення низької концентрації ДНК (3.6 нг/лінія) за допомогою барвника Sbt3 з N-алкілдіпірідильною групою дає більш чітку візуалізацію у порівнянні з широко використовуваним бромистим етидієм. Висновки. Завдяки чутливості нових стирилціанінів до НК в розчині і при гель-електрофорезі, вони можуть бути запропоновані в якості фотостабільних низькотоксичних недорогих флуоресцентних зондів для рутинних лабораторних експериментів.
Keywords: Стирилціанінові барвники, детекція нуклеїнових кислот, флуоресцентні зонди.