В–Z-перехід у ДНК з нерегулярною послідовністю основ

Міркін, С. М.; Лямічев, В. І.; Кумарєв, В. П.; Кобзєв, В. Ф.; Носіков, В. В.; Вологодський, А. В.

doi:10.7124/bc.0001F4

Biopolym. Cell. 1987; 3(5):227-234.

http://dx.doi.org/10.7124/bc.0001F4

Структура та функції біополімерів

В–Z-перехід у ДНК з нерегулярною послідовністю основ

1Міркін С. М., 1Лямічев В. І., 2Кумарєв В. П., 2Кобзєв В. Ф., 3Носіков В. В., 1Вологодський А. В.

Інститут молекулярної генетики АН СРСР
Москва, СРСР
Інститут цитології і генетики, Сибірського відділення АН СРСР
Новосибірськ, СРСР
ВНДІгенетіка
Москва, СРСР

Abstract

Розглянуто енергетику утворення лівоспіральної Z-форми в ДНК з довільною послідовністю основ. Коротко описано статистико-механічну модель В–Z-переходу. Отримано експериментальні дані, що дозволяють визначати всі параметри моделі, які залишилися невідомими.

Повний текст: (PDF, російською)

References

[1] Brahms S, Vergne J, Brahms JG, Di Capua E, Bucher P, Koller T. Natural DNA sequences can form left-handed helices in low salt solution under conditions of topological constraint. J Mol Biol. 1982;162(2):473-93.

[2] Pohl FM, Thomae R, DiCapua E. Antibodies to Z-DNA interact with form V DNA. Nature. 1982;300(5892):545-6.

[3] Wang AH, Gessner RV, van der Marel GA, van Boom JH, Rich A. Crystal structure of Z-DNA without an alternating purine-pyrimidine sequence. Proc Natl Acad Sci U S A. 1985;82(11):3611-5.

[4] Vologodskii AV. Theoretical model of the B-Z transition in DNA with an arbitrary sequence. Mol Biol (Mosk). 1985;19(4):1062-71.

[5] Peck LJ, Wang JC. Energetics of B-to-Z transition in DNA. Proc Natl Acad Sci U S A. 1983;80(20):6206-10. http:. dx.doi.org. 10.1073. pnas.80.20.6206

[6] Haniford DB, Pulleyblank DE. Facile transition of poly[d(TG) x d(CA)] into a left-handed helix in physiological conditions. Nature. 1983;302(5909):632-4.

[7] Frank-Kamenetskii MD, Vologodskii AV. Thermodynamics of the B-Z transition in superhelical DNA. Nature. 1984 Feb 2-8;307(5950):481-2.

[8] Ellison MJ, Kelleher RJ 3rd, Wang AH, Habener JF, Rich A. Sequence-dependent energetics of the B-Z transition in supercoiled DNA containing nonalternating purine-pyrimidine sequences. Proc Natl Acad Sci U S A. 1985;82(24):8320-4.

[9] Singleton CK, Klysik J, Stirdivant SM, Wells RD. Left-handed Z-DNA is induced by supercoiling in physiological ionic conditions. Nature. 1982;299(5881):312-6.

[10] Wang JC, Peck LJ, Becherer K. DNA supercoiling and its effects on DNA structure and function. Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 1983;47 Pt 1:85-91.

[11] Rich A, Nordheim A, Wang AH. The chemistry and biology of left-handed Z-DNA. Annu Rev Biochem. 1984;53:791-846.

[12] Vologodskii AV, Amirikyan BR, Lyubchenko YL, Frank-Kamenetskii MD. Allowance for heterogeneous stacking in the DNA helix-coil transition theory. J Biomol Struct Dyn. 1984;2(1):131-48.

[13] Wada A, Suyama A. Local stability of DNA and RNA secondary structure and its relation to biological functions. Prog Biophys Mol Biol. 1986;47(2):113-57.

[14] Anshelevich VV, Vologodskii AV, Lukashin AV, Frank-Kamenetskii MD. Statistical-mechanical treatment of violations of the double helix in supercoiled DNA. Biopolymers. 1979;18(11):2733-44.

[15] Lee CH, Mizusawa H, Kakefuda T. Unwinding of double-stranded DNA helix by dehydration. Proc Natl Acad Sci U S A. 1981;78(5):2838-42.

[16] Nordheim A, Rich A. The sequence (dC-dA)n X (dG-dT)n forms left-handed Z-DNA in negatively supercoiled plasmids. Proc Natl Acad Sci U S A. 1983;80(7):1821-5.

[17] Yavachev LP, Georgiev OI, Braga EA, Avdonina TA, Bogomolova AE, Zhurkin VB, Nosikov VV, Hadjiolov AA. Nucleotide sequence analysis of the spacer regions flanking the rat rRNA transcription unit and identification of repetitive elements. Nucleic Acids Res. 1986;14(6):2799-810.

[18] Yanisch-Perron C, Vieira J, Messing J. Improved M13 phage cloning vectors and host strains: nucleotide sequences of the M13mp18 and pUC19 vectors. Gene. 1985;33(1):103-19.

[19] Kumarev V. P., Kolocheva T. I., Motovilova I. P., Potemkin G. A., Sredin Yu. G. Automatic and semiautomatic synthesis of polydeoxynucleotides by diisopropylphosphamidite method. Russian Journal of Bioorganic Chemistry 1986, 12 (8):1132-1134.

[20] Maxam AM, Gilbert W. A new method for sequencing DNA. Proc Natl Acad Sci U S A. 1977;74(2):560-4.

[21] Birnboim HC, Doly J. A rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA. Nucleic Acids Res. 1979;7(6):1513-23.

[22] Lyamichev VI, Panyutin IG, Frank-Kamenetskii MD. Evidence of cruciform structures in superhelical DNA provided by two-dimensional gel electrophoresis. FEBS Lett. 1983;153(2):298-302.

[23] Panyutin I, Lyamichev V, Mirkin S. A structural transition in d(AT)n.d(AT)n inserts within superhelical DNA. J Biomol Struct Dyn. 1985;2(6):1221-34.