Biopolym. Cell. 2011; 27(3):231-234.
Короткі повідомлення
Генотипування IFN-λ-3 (IL28B) методом поліморфізму довжини рестрикційних фрагментів: визначення поліморфізму rs12979860
1Пампуха В. М., 1Кравченко С. А., 2Мороз Л. В., 1Лівшиць Л. А.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680
  2. Винницький національний медичний університет ім. М. І. Пирогова
    вул. Пирогова, 56, Винниця, Україна, 21018

Abstract

Метою даної роботи була розробка простого методу детекції поліморфізму rs12979860 на основі ПДРФ-аналізу та проведення генотипування за даним поліморфізмом серед індивідів з невизначеним статусом хронічного гепатиту С в популяції України. Методи. SNP rs12979860 проаналізовано методом ПЛР/ ПДРФ серед 99 індивідів з України. Результати. Розроблено точний метод детекції rs12979860 та виявлено такий розподіл генотипів: CC – 56 %, CT – 34 %, TT – 10 %. Висновки. Зважаючи на визначену високу частоту генотипу СС у нашому дослідженні, аналіз поліморфізму rs12979860 можна застосовувати в Україні для прогнозу відповіді пацієнта на лікування з урахуванням генотипу вірусу С і вірусного навантаження.
Keywords: ген IFN-λ-3 (IL28B), SNP rs12979860, метод ПЦР/ПДРФ, гепатит C

References

[1] World Health Organization: Global surveillance and control of hepatitis C. Report of a WHO consultation organized in collaboration with the Viral Hepatitis Prevention Board, Antwerp, Belgium J. Viral. Hepat 1999 6, N 1 P. 35–47.
[2] Micallef J. M., Kaldor J. M., Dore G. J. Spontaneous viral clearance following acute hepatitis C infection: a systematic review of longitudinal studies J. Viral. Hepat 2006 13, N 1 P. 34–41.
[3] Gural A. L., Marievskiy V. F., Sergeyeva T. A., Shaginyan V. R., Ruban O. M. Characteristics and trends of hepatitis' C epidemic process in Ukraine Preventive Medicine 2011 N 1 P. 9–17.
[4] Thomas D. L., Seeff L. B. Natural history of hepatitis C Clin. Liver Dis 2005 9, N 3 P. 383–398.
[5] Di Bisceglie A. M., Hoofnagle J. H. Optimal therapy of hepatitis C Hepatology 2002 36 (5 Suppl 1) P. S121–127.
[6] Zeuzem S., Berg T., Moeller B., Hinrichsen H., Mauss S., Wedemeyer H., Sarrazin C., Hueppe D., Zehnter E., Manns M. P. Expert opinion on the treatment of patients with chronic hepatitis C J. Viral. Hepat 2009 16, N 2 P. 75–90.
[7] Ge D., Fellay J., Thompson A. J., Simon J. S., Shianna K. V., Urban T. J., Heinzen E. L., Qiu P., Bertelsen A. H., Muir A. J., Sulkowski M., McHutchison J. G., Goldstein D. B. Genetic variation in IL28B predicts hepatitis C treatment-induced viral clearance Nature 2009 461, N 7262 P. 399–401.
[8] Suppiah V., Moldovan M., Ahlenstiel G., Berg T., Weltman M., Abate M. L., Bassendine M., Spengler U., Dore G. J., Powell E., Riordan S., Sheridan D., Smedile A., Fragomeli V., Muller T., Bahlo M., Stewart G. J., Booth D. R., George J. IL28B is associated with response to chronic hepatitis C interferon-alpha and ribavirin therapy Nat. Genet 2009 41, N 10 P. 1100–1104.
[9] Tanaka Y., Nishida N., Sugiyama M., Kurosaki M., Matsuura K., Sakamoto N., Nakagawa M., Korenaga M., Hino K., Hige S., Ito Y., Mita E. Genome-wide association of IL28B with response to pegylated interferon-alpha and ribavirin therapy for chronic hepatitis C Nat. Genet 2009 41, N 10 P. 1105–1109.
[10] Rauch A., Kutalik Z., Descombes P., Cai T., Di Iulio J., Mueller T., Bochud M., Battegay M., Bernasconi E., Borovicka J., Colombo S., Cerny A., Dufour J. F., Furrer H., Gunthard H. F., Heim M., Hirschel B., Malinverni R., Moradpour D., Mullhaupt B., Witteck A., Beckmann J. S., Berg T., Bergmann S., Negro F., Telenti A., Bochud P. Y.; Swiss Hepatitis C Cohort Study; Swiss HIV Cohort Study. Genetic variation in IL28B is associated with chronic hepatitis C and treatment failure: a genome-wide association study Gastroenterology 2010 138, N 4 P. 1338– 1345.
[11] Thomas D. L., Thio C. L., Martin M. P., Qi Y., Ge D., O'Huigin C., Kidd J., Kidd K., Khakoo S. I., Alexander G., Goedert J. J., Kirk G. D., Donfield S. M., Rosen H. R., Tobler L. H., Busch M. P., McHutchison J. G., Goldstein D. B., Carrington M. Genetic variation in IL28B and spontaneous clearance of hepatitis C virus Nature 2009 461, N 7265 P. 798–801.
[12] Sambrook J., Frtsch E. F., Maniatis T. Molecular cloning: a laboratory manual New York: Cold Spring Harbor Lab. press, 1989 253 p.
[13] Weir B. S. Genetic data analysis. Methods for discrete population genetic data Sunderland: Sinauer Associates, Inc. Publ., 1990 377 p.
[14] Sheppard P., Kindsvogel W., Xu W., Henderson K., Schlutsmeyer S., Whitmore T. E., Kuestner R., Garrigues U., Birks C., Roraback J., Ostrander C., Dong D. IL-28, IL-29 and their class II cytokine receptor IL-28R Nat. Immunol 2003 4, N 1 P. 63–68.
[15] Fox B. A., Sheppard P. O., O'Hara P. J. The role of genomic data in the discovery, annotation and evolutionary interpretation of the interferon-lambda family PLoS One 2009 4, N 3 e4933.