Biopolym. Cell. 2009; 25(3):226-233.
Біоінформатика
Пошук генів мiкроРНК у ділянках геному, які містять два дуже пізніх гени вiрусу ядерного полiедрозу Bombyx mori
1Ширина Т. В., 1Висловух А. А., 1Бобровська М. Т., 1Козлов Е. А.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680
Віруси ядерного поліедрозу (ВЯП) B. mori кодують два дуже пізніх гени – ph і p10. Інтерес до пошуку miR у цих ділянках геному обумовлений тим, що поліедри, які утворюються на дуже пізній стадії інфекції, містять у собі не тільки віріони, але й малу РНК довжиною 50–60 нуклеотидів. Мета даного повідомлення полягала в пошуку miRs в альтернативних транскриптах, синтезованих не лише з TAAG-промоторного елемента, а й з ТАТА-промоторних елементів, розташованих у ділянках геному ВЯП B. mori, що включають гени ph і р10. Методи. Пошук miRs здійснювали за допомогою біоінформатичних програм передбачення miR: MiPred, miRNA SVM, Micropocessor SVM і mFOLD. Результати. Передбачено, що ділянка, в якій локалізується ген ph, може кодувати дві miRs (bmoNPV-miR-1ph, bmoNPV-miR-2ph) та потенційний попередник miR – bmoNPV-pre-miR-1Cph, що не є субстратом для ферменту Dicer. Ділянка, у якій розміщений ген р10, може кодувати одну miR – bmoNPV-miR-3p10. Висновки. Обговорюється можливість регуляції експресії передбаченими miRs генів orf1629 и p74, розташованих на тих же ділянках комплементарного ланцюга.
Keywords: вірус ядерного полiедрозу, Bombyx mori, мiкроРНК, бioiнформатичний пiдхiд, передбачення