Biopolym. Cell. 2009; 25(3):226-233.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.0007E0
Біоінформатика
Пошук генів мiкроРНК у ділянках геному, які містять два дуже пізніх гени вiрусу ядерного полiедрозу Bombyx mori
1Ширина Т. В., 1Висловух А. А., 1Бобровська М. Т., 1Козлов Е. А.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680

Abstract

Віруси ядерного поліедрозу (ВЯП) B. mori кодують два дуже пізніх гени – ph і p10. Інтерес до пошуку miR у цих ділянках геному обумовлений тим, що поліедри, які утворюються на дуже пізній стадії інфекції, містять у собі не тільки віріони, але й малу РНК довжиною 50–60 нуклеотидів. Мета даного повідомлення полягала в пошуку miRs в альтернативних транскриптах, синтезованих не лише з TAAG-промоторного елемента, а й з ТАТА-промоторних елементів, розташованих у ділянках геному ВЯП B. mori, що включають гени ph і р10. Методи. Пошук miRs здійснювали за допомогою біоінформатичних програм передбачення miR: MiPred, miRNA SVM, Micropocessor SVM і mFOLD. Результати. Передбачено, що ділянка, в якій локалізується ген ph, може кодувати дві miRs (bmoNPV-miR-1ph, bmoNPV-miR-2ph) та потенційний попередник miR – bmoNPV-pre-miR-1Cph, що не є субстратом для ферменту Dicer. Ділянка, у якій розміщений ген р10, може кодувати одну miR – bmoNPV-miR-3p10. Висновки. Обговорюється можливість регуляції експресії передбаченими miRs генів orf1629 и p74, розташованих на тих же ділянках комплементарного ланцюга.
Keywords: вірус ядерного полiедрозу, Bombyx mori, мiкроРНК, бioiнформатичний пiдхiд, передбачення
Повний текст: (PDF, російською) (PDF, англійською)

References

[1] Shirina T. V., Bobrovskaya M. T., Kozlov E. A. MicroRNA: from fundamental research to their application Biopolym. Cell. 2007; 23, N 6:467–482.
[2] Makarova J. A., Kramerov D. A. Noncoding RNAs Biochemistry (Mosc). 2007; 72(11):1161-78
[3] Nelsen J. A. Small RNA and large DNA viruses N. Engl. J. Med 2007 357, N 26: 2630–2672.
[4] Omoto S., Fujii Y. R. Cloning and detection of HIV-1-encoded microRNA. Methods Mol Biol. 2006; 342:255–265.
[5] Klase Z., Kale P., Winograd R., Gupta M. V., Heydarian M., Bezzo R., Mc Caffrey T., Kashanchi F. HIV-1 TAR element is processed by Dicer to yield a viral microRNA involved in chromatin remodeling of the viral LTR BMC Mol. Biol 2007 8:63–81.
[6] Scaria V., Hariharan M., Pillai B., Maiti S., Brahmachari S. K. Host-virus genome iteraction: macro roles for microRNAs Cell Microbiol 2007 9, N 12:2784–2794.
[7] Yeung M., L., Benkirane M., Jeang K.-T. Small non-coding RNAs, mammalian cells, and viruses: regulatory interaction? Retrovirology 2007 4:74–79.
[8] Hakim S. T., Alsayari M., Mc Lean D. C., Saleem S., Addanki K. C., Aggarwal M., Mahalingam K., Bagasra O. A large number of the human microRNAs target lentiviruses, retroviruses, and endogenous retroviruses Biochem. and Biophys. Res. Communs 2008 369, N 2 P.357–362.
[9] Okano K., Vanarsdall A. L., Mikhailov V. S., Rohrman G. F. Conserved molecular systems of the baculoviridae Virology 2006 344, N 1:77–87.
[10] Kozlov E. A., Vudmaska M. I., Bobrovskaja M. T., Shirina T. V. Investigation of structure-function interaction of polyhedron of Bombyx mori Nuclear Polyhedrosis Virus (NPV) with polyhedra protease and RNA. 3. Polyhedras contain small RNA. Biopolym. Cell 2007. 23, N 4:301–306.
[11] Liu S., Xia Q., Zhao P., Cheng T., Hong K., Xiang Z. Characterization and expression patterns of let-7 microRNA in the silkworm (Bombyx mori) BMC Develop. Biol 2007 25, N 7:88–104.
[12] Zuker M. Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction Nucl. Acids Res 2003 31, N 13:3406–3415.
[13] Helvik S. A., Snove O., Saetrom P. Reliable prediction of Drosha processing sites improves microRNA genes prediction Bioinformatics 2007 23, N 2:142–149.
[14] Tong C., Jin Y., Zhang Y. Computational prediction of microRNA genes in silkworm genome J. Zhejiang Univ. SCIENCE B 2006 7, N 10:806–816.
[15] Xue C., Li F., He T., Liu G. P., Li Y., Zhang X. Classification real and pseudo microRNA-precursor using local structuresequence features and support vector mashine. Bioinformatics. 2005; 6(3):310–316.
[16] Lim L. C., Lau N. C., Weinstein E. G., Abdelhakim A., Yekta S., Rhoades M. W., Burge C. B., Bartel D. P. The microRNAs of Caenorhabditis elegans Genes Develop 2003 17, N 8:991–1008.
[17] Ooi B. G., Miller L. K. Transcription of the baculovirus polyhedrin gene reduces the levels of an antisense transcript initiated downstream. J. Virol. 1990; 64(6):3126–3129.
[18] Liu A., Qin J., Rankin C., Hardin S. E., Weaver R. F. Nucleotide sequence of a portion of the Autographa californica nuclear phyhedrosis viruses genome containing the EcoR1 site-rich region (h25) and open reading frame just 5' p10 gene J. Gen. Virol 1986 67, N 11:2565–2570.
[19] Lee J., Kim M., Han J., Yeom K.-H., Lee S., Back S. H., Kim V. N. MicroRNA genes are transcribed by RNA phymerase II EMBO J 2004 23:4051–4060.
[20] Fujita S., Iba H. Putative promoter regions of microRNAs genes involved in evolutionarily conserved regulatory systems among vertebrates Bioinformatics 2008 24, N 3:303–308.
[21] Li S.-C., Shiau C.-K., Lin W.-C. Vir-MiR db: prediction of viral microRNA candidate hairpins Nucl. Acids Res 2008 36, N 1:184–189.