Biopolym. Cell. 2006; 22(6):425-432.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.000748
Структура та функції біополімерів
Виділення і очищення ізоакцепторних форм тPHK1Ser і тPHK2Ser із Thermus thermophilus
1Крикливий І. А., 1Коваленко О. П., 1Гудзера О. Й., 1Яремчук Г. Д., 1Тукало М. А.
  1. Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
    Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680

Abstract

Серинова аміноацилювальна система є унікальною в тому розумінні, що це єдина система, де синтетаза 2-го структурного класу впізнає тРНК з довгою варіабельною гілкою (тРНК 2-го типу), що становить особливий інтерес для вивчення механізмів упізнавання тРНК відповідною аміноацил-тРНК синтетазою. Викладено методичні підходи до отримання високоочищених ізоакцепторних тPHK1Ser і тРНК2Ser з екстремального термофіла Т. thermophilus у міліграмових кількостях, необхідних для структурних досліджень. Розроблений метод очищення тPHKSer включає хроматографію на бензоїльованій ДЕАЕ-целюлозі і високоефективну рідинну хроматог­рафію на аніонообмінній колонці Spherogel TSK DEAE 5PW та оберненофазовій колоці Ultrapore С8 з використанням обладнання HPLC.
Keywords: тРНК, хроматографія, високоефективна рідинна хроматографія, екстремальний термофіл Thermus thermophilus, бензоїльована ДЕАЕ-целюлоза
Повний текст: (PDF, українською) (PDF, англійською)

References

[1] Eriani G, Delarue M, Poch O, Gangloff J, Moras D. Partition of tRNA synthetases into two classes based on mutually exclusive sets of sequence motifs. Nature. 1990;347(6289):203-6.
[2] Cusack S, Berthet-Colominas C, H?rtlein M, Nassar N, Leberman R. A second class of synthetase structure revealed by X-ray analysis of Escherichia coli seryl-tRNA synthetase at 2.5 A. Nature. 1990;347(6290):249-55.
[3] Sprinzl M, Dank N, Nock S, Sch?n A. Compilation of tRNA sequences and sequences of tRNA genes. Nucleic Acids Res. 1991;19 Suppl:2127-71.
[4] Kim SH, Quigley GJ, Suddath FL, McPherson A, Sneden D, Kim JJ, Weinzierl J, Rich A. Three-dimensional structure of yeast phenylalanine transfer RNA: folding of the polynucleotide chain. Science. 1973;179(4070):285-8.
[5] Tukalo MA, Petrushenko ZM, Kriklivy IA, Matsuka GKh. The state of variable tRNALeu arm from the cow mammary gland in the solution. Doklady Akad Nauk Ukr SSR. Ser B. 1986;(10):71-3.
[6] Petrushenko ZM, Tukalo MA, Matsuka GKh. [Determination of phosphate residues participating in the formation of the spatial structure of tRNA- Leu IAG from cow mammary glands]. Bioorg Khim. 1986;12(11):1492-7.
[7] Petrushenko ZM, Tukalo MA, Matsuka GKh. [A study of the conformation of tRNA(IAGLeu) from the cow mammary gland using chemical modification methods]. Bioorg Khim. 1988;14(1):31-6.
[8] Petrushenko ZM, Tukalo MA, Gudzera OI, Rozhko OT, Matsuka GKh. [Determination of interacting segments of tRNA(Leu) from cow mammary glands with homologous aminoacyl-tRNA-synthetase by a chemical modification method]. Bioorg Khim. 1990;16(12):1647-52.
[9] Kalachnyuk LG, Tukalo MA, Matsuka GKh. Identification of phosphate residues involved in the formation of tertiary structure of tRNA1Ser from bovine liver. Biopolym Cell. 1992; 8(5):12-5.
[10] Kalachynok LH, Tukalo MA, Matsuka HKh. [The identification of the sites of tRNA(Ser)(GCU) interaction in bovine liver with homologous aminoacyl-tRNA-synthetase by the chemical modification method]. Ukr Biokhim Zh. 1992;64(6):38-42.
[11] Kalachnyuk LG, Kozak LA, Tukalo MA, Matsuka GKh. Isolation and characteristic of the individual isoacceptor tRNA1Ser preparation from the bovine liver. Biopolym Cell. 1987; 3(5):274-6.
[12] Gillam I, Millward S, Blew D, von Tigerstrom M, Wimmer E, Tener GM. The separation of soluble ribonucleic acids on benzoylated diethylaminoethylcellulose. Biochemistry. 1967;6(10):3043-56.
[13] Gudzera OI, Krikliviy IA, Yaremchuk AD, Tukalo MA. The isolation of histidine tRNA from Thermus thermophilus and the study of its primary structure and interaction sites with homologous aminoacyl-tRNA synthetase. Biopolym Cell. 2006; 22(3):201-9.
[14] Petrushenko ZM, Kovalenko OP, Malchenko NN, Krikliviy IA, Yaremchuk AD, Tukalo MA. The primary structure of tRNASer from Thermus thermophilus. Biopolym Cell. 1997; 13(3):202-8.
[15] Yaremchuk AD, Tukalo MA, Krikliviy I, Malchenko N, Biou V, Berthet-Colominas C, Cusack S. A new crystal form of the complex between seryl-tRNA synthetase and tRNA(Ser) from Thermus thermophilus that diffracts to 2.8 A resolution. FEBS Lett. 1992;310(2):157-61.
[16] Biou V, Yaremchuk A, Tukalo M, Cusack S. The 2.9 A crystal structure of T. thermophilus seryl-tRNA synthetase complexed with tRNA(Ser). Science. 1994;263(5152):1404-10.
[17] Cusack S, Yaremchuk A, Tukalo M. The crystal structure of the ternary complex of T.thermophilus seryl-tRNA synthetase with tRNA(Ser) and a seryl-adenylate analogue reveals a conformational switch in the active site. EMBO J. 1996;15(11):2834-42.
[18] Cayama E, Y?pez A, Rotondo F, Bandeira E, Ferreras AC, Triana-Alonso FJ. New chromatographic and biochemical strategies for quick preparative isolation of tRNA. Nucleic Acids Res. 2000;28(12):E64.