Biopolym. Cell. 1986; 2(4):189-195.
Структура та функції біополімерів
Структура кальцієвої солі роly (dА) : роly (dТ) за даними рентгенівської дифракції у волокнах
1Алексєєв Д. Г., 1Ліпанов А. А., 1Скуратовський І. Я.
- Інститут молекулярної генетики АН СРСР
Москва, СРСР
Abstract
На основі рентгеноструктурного дослідження кальцієвої солі роly (dА): роlу (dТ) у волокнах побудовано модель цього полінуклеотиду, що представляє собою 10-разову подвійну спіраль з періодом 3,23 нм. Протилежні цукрово-фосфатні ланцюга в даній моделі повністю еквівалентні і містять цукри в конформації, близькій до С2'-endo (δ = 138 °), що дозволяє віднести дану структуру до В-сімейства ДНК. Для натрієвої солі цього ж полінуклеотиду запропоновано нову модель, протилежні ланцюги в якій конформаційно близькі і яка теж є структурою В-типу.
Повний текст: (PDF, російською)
References
[1]
Bartenev VN, Golovamov EuI, Kapitonova KA, Mokulskii MA, Volkova LI, Skuratovskii IYa. Structure of the B DNA cationic shell as revealed by an X-ray diffraction study of CsDNA. Sequence-specific cationic stabilization of B form DNA. J Mol Biol. 1983;169(1):217-34.
[2]
Lipanov AA, Alekseev DG, Bartenev VN, Volkova LI, Kapitonova KA, Skuratovsky IYa. Position of Cs2+ ions in the structure of DNA A-form. Biofizika. 1986; 31(2):336-8.
[3]
Skuratovskii IIa, Bartenev VN. Investigation of the structure of magnesium and lithium salts of T2 phage DNA by the method of x-ray diffraction. The possible mechanisms of the participation of cations in the structural transformation of double-stranded DNA. Mol Biol (Mosk). 1978;12(6):1359-76.
[4]
Alexeev DG, Volkova LI, Skuratovskii IYa, Hasnain SS. X-ray diffraction and EXAFS studies of the calcium salts of polymeric poly(dA) : poly(dT) and natural DNA. Third int. conf. on water and ions in biol. systems: Abstracts. Bucharest, 1984:205.
[5]
Arnott S, Chandrasekaran R, Hall IH, Puigjaner LC. Heteronomous DNA. Nucleic Acids Res. 1983;11(12):4141-55.
[6]
Sarma MH, Gupta G, Sarma RH. Untenability of the heteronomous DNA model for poly(dA).poly(dT) in solution. This DNA adopts a right-handed B-DNA duplex in which the two strands are conformationally equivalent. A 500 MHz NMR study using one dimensional NOE. J Biomol Struct Dyn. 1985;2(6):1057-84.
[7]
Thomas GA, Peticolas WL. Fluctuations in nucleic acid conformations. 2. Raman spectroscopic evidence of varying ring pucker in A-T polynucleotides. J Am Chem Soc. 1983; 105(4):993-6.
[8]
Jolles B, Laigle A, Chinsky L, Turpin PY. The poly dA strand of poly dA.poly dT adopts an A-form in solution: a UV resonance Raman study. Nucleic Acids Res. 1985;13(6):2075-85.
[9]
Vaynshteyn BK. X-ray diffraction on chain molecules. Moscow, Nauka, 1963; 371 p.
[10]
Smith P J C., Arnott S. LALS: a linked-atoms least-squares resiprocal-space refinement system incorporating stereochemical restrains to supplement sparse diffraction data. Acta Crystallogr A. 1978;34(1):3-11.
[11]
Bartenev VN, Kameneva NG, Lipanov AA. Statistical stereochemical model flexible oligonucleotides. Materials 6th Symposium on conformational changes of biopolymers in solution. Tbilisi, 1985:99.
[12]
Langridge R, Wilson HR. The molecular configuration of deoxyribonucleic acid: I. X-ray diffraction study of a crystalline form of the lithium salt. J Mol Biol. 1960. 2(1):19-37.
[13]
Hamilton WC. Significance tests on the crystallographic R-factor. Acta Crystallogr. 1965; 18(3):502-10.
[14]
Fratini AV, Kopka ML, Drew HR, Dickerson RE. Reversible bending and helix geometry in a B-DNA dodecamer: CGCGAATTBrCGCG. J Biol Chem. 1982;257(24):14686-707.
[15]
Diekmann S, Wang JC. On the sequence determinants and flexibility of the kinetoplast DNA fragment with abnormal gel electrophoretic mobilities. J Mol Biol. 1985;186(1):1-11.
[16]
Hagerman P. J. Sequence-dependent curvature of the helix axis of DNA. Fourth conversation in biomolecular stereodynamics: Abstracts. Albany, 1985:100-101.
[17]
Peck LJ, Wang JC. Sequence dependence of the helical repeat of DNA in solution. Nature. 1981;292(5821):375-8.
[18]
Kunkel GR, Martinson HG. Nucleosomes will not form on double-stranded RNa or over poly(dA).poly(dT) tracts in recombinant DNA. Nucleic Acids Res. 1981;9(24):6869-88.
[19]
Goodman TC, Klein RD, Wells RD. Effects of neighboring DNA homopolymers on the biochemical and physical properties of the Escherichia coli lactose promoter. III. High resolution thermal denaturation and circular dichroism studies. J Biol Chem. 1982;257(21):12970-8.
[20]
Drew HR, Dickerson RE. Structure of a B-DNA dodecamer. III. Geometry of hydration. J Mol Biol. 1981;151(3):535-56.
[21]
Chuprina VP. Regularities in formation of the spine of hydration in the DNA minor groove and its influence on the DNA structure. FEBS Lett. 1985;186(1):98-102.
