Biopolym. Cell. 2003; 19(6):520-524.
Молекулярна та клітинна біотехнології
ПЛР-опосередкований метод визначення Klebsiella oxytoca серед
близьких бактерій у природних та медичних зразках
1Ковтунович Г. Л., 1Литвиненко Т. Л., 1Негруцька В. В., 1Лар О. В., 2Колтукова Н. В., 1Козировська Н. О.
- Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680 - Інститут епідеміології та інфекційних хвороб ім. Л. В. Громашевського АМН України
вул. Амосова, 5, Київ, Україна, 03038
Abstract
На основі ПЛР-ампліфікації унікальних послідовностей ДНК гена, що кодує фермент полігалактуроназу (pehX), розроблено специфічний метод для вирізнення бактерії K. oxytoca серед інших бактерій роду Klebsiella. Чотири пари праймерів створено для отримання ампліконів 282, 344, 451 та 513 п. н. Специфічність тесту підтверджено відсутністю продуктів ПЛР у близьких бактерій K. pneumoniae, K. planticola та видів роду Erwinia, що розкладають полігалактуронат ПЛР-тест дозволяє швидко визначити наявність K. oxytoca у зразку або
відрізнити цю бактерію від представників інших видів, наприклад, від К. pneumoniae, яка дуже схожа на неї. Діагностичний тест може бути використано в екологічному моніторингу K. oxytoca, а також у медичних лабораторіях.
Повний текст: (PDF, англійською)
References
[1]
Mahl MC, Wilson PW, Fife MA, Ewing WH. Nitrogen fixation by members of the tribe Klebsielleae. J Bacteriol. 1965;89:1482-7.
[2]
Dixon RA, Postgate JR. Transfer of nitrogen-fixation genes by conjugation in Klebsiella pneumoniae. Nature. 1971;234(5323):47-8.
[3]
Streicher S, Gurney E, Valentine RC. Transduction of the nitrogen-fixation genes in Klebsiella pneumoniae. Proc Natl Acad Sci U S A. 1971;68(6):1174-7.
[4]
Eady RR, Smith BE, Cook KA, Postgate JR. Nitrogenase of Klebsiella pneumoniae. Purification and properties of the component proteins. Biochem J. 1972;128(3):655-75.
[5]
Hirota Y, Fujii T, Sano Y, Iyama S. Nitrogen fixation in the rhizosphere of rice. Nature. 1978;276(5686):416–7.
[6]
Kozyrovska N, Alexeyev M, Kovtunovych G, Gunkovska N, Kordyum V. Survival of Klebsiella oxytoca VN13 engineered to bioluminescence on barley roots during plant vegetation. Microbial Releases. 1994. 2: 262-5.
[7]
Reiter B, B?rgmann H, Burg K, Sessitsch A. Endophytic nifH gene diversity in African sweet potato. Can J Microbiol. 2003;49(9):549-55.
[8]
Chelius MK, Triplett EW. Immunolocalization of dinitrogenase reductase produced by Klebsiella pneumoniae in association with Zea mays L. Appl Environ Microbiol. 2000;66(2):783-7.
[9]
Podschun R, Ullmann U. Klebsiella spp. as nosocomial pathogens: epidemiology, taxonomy, typing methods, and pathogenicity factors. Clin Microbiol Rev. 1998;11(4):589-603.
[10]
Orskov I. Genus Klebsiella II Bergey's manual of determinative bacteriology. Eds R. E. Buchanau, N. E. Gibson. Baltimore: Williams and Wilkins Co. publ., 1974: 321-4.
[11]
Jain K, Radsak K, Mannheim W. Differentiation of the Oxytocum Group from Klebsiella by Deoxyribonucleic Acid-Deoxyribonucleic Acid Hybridization. Int J Syst Bacteriol. 1974;24(4):402–7.
[12]
Ohkusu K. Cost-effective and rapid presumptive identification of gram-negative bacilli in routine urine, pus, and stool cultures: evaluation of the use of CHROMagar orientation medium in conjunction with simple biochemical tests. J Clin Microbiol. 2000;38(12):4586-92.
[13]
Hibbert-Rogers LC, Heritage J, Gascoyne-Binzi DM, Hawkey PM, Todd N, Lewis IJ, Bailey C. Molecular epidemiology of ceftazidime resistant Enterobacteriaceae from patients on a paediatric oncology ward. J Antimicrob Chemother. 1995;36(1):65-82.
[14]
Pat. USA WO 0123604-A 1929 05.04. Highly conserved genes and their use to generate probes and primers for detection of microorganisms. M. G. Bergeron, M. Boissinot, A. Huletsky, C. Nard, M. Ouellette, J. Picard, P. H. Roy. Publ. 2001.
[15]
Steffensen SA, Poulsen AB, Mortensen KK, Sperling-Petersen HU. E. coli translation initiation factor IF2--an extremely conserved protein. Comparative sequence analysis of the infB gene in clinical isolates of E. coli. FEBS Lett. 1997;419(2-3):281-4.
[16]
Pat. USA WO 0123606-A 144 05.04. Nucleic acid molecules for detecting bacteria and phylogenetic units of bacteria. R. Grabowski, K. Berghof. Publ. 2001.
[17]
Anthony RM, Brown TJ, French GL. Rapid diagnosis of bacteremia by universal amplification of 23S ribosomal DNA followed by hybridization to an oligonucleotide array. J Clin Microbiol. 2000;38(2):781-8.
[18]
Brisse S, Verhoef J. Phylogenetic diversity of Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca clinical isolates revealed by randomly amplified polymorphic DNA, gyrA and parC genes sequencing and automated ribotyping. Int J Syst Evol Microbiol. 2001;51(Pt 3):915-24.
[19]
Monnet D, Freney J. Method for differentiating Klebsiella planticola and Klebsiella terrigena from other Klebsiella species. J Clin Microbiol. 1994;32(4):1121-2.
[20]
Starr MP, Chatterjee AK, Starr PB, Buchanan GE. Enzymatic degradation of polygalacturonic acid by Yersinia and Klebsiella species in relation to clinical laboratory procedures. J Clin Microbiol. 1977;6(4):379-86.
[21]
Kovtunovich GV, Lar OV, Kozyrovska NO. Cloning and structural analysis of the Klebsiella oxytoca VN13 peh gene. Biopolym Cell. 2000;16(5):356-362.
