Biopolym. Cell. 1990; 6(6):14-21.
Построение полной карты локального сходства двух биополимеров (программа DotHelix пакета GenBee)
1Леонтович А. М., 1, 2Бродский Л. И., 3Горбаленя А. Е.
  1. Научно-производственный кооператив «Комби»
    Советско-франко-итальянское предприятие «Интерквадро»
    Москва, СССР
  2. Межфакультетская научно-исследовательская лаборатория им. А. Н. Белозерского,
    Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова
    Москва, СССР
  3. Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов АМН СССР
    Московская обл., СССР

Abstract

В работе предложен новый алгоритм построения полной карты локального сходства двух биополимеров, значительно более быстрый по сравнению с известным алгоритмом Альтшуля — Эриксона. Haш алгоритм реализован в программе DotHelix из пакета GenBee. Эффективность алгоритма по сравнению с традиционным методом Стадена и работа программы DotHelix проиллюстрированы на примере сопоставления полипротеинов двух штаммов вируса полиомиелита. Кратко обсуждены возможные области применения предлагаемой программы.

References

[1] Staden R. An interactive graphics program for comparing and aligning nucleic acid and amino acid sequences. Nucleic Acids Res. 1982;10(9):2951-61.
[2] Altschul SF, Erickson BW. A nonlinear measure of subalignment similarity and its significance levels. Bull Math Biol. 1986;48(5-6):617-32.
[3] Dayhoff MO, Barker WC, Hunt LT. Establishing homologies in protein sequences. Methods Enzymol. 1983;91:524-45.
[4] Gorbalenia AE, Donchenko AP, Blinov VM. Possible common origin of poliovirus proteins responsible for different functions. Mol Gen Mikrobiol Virusol. 1986;(1):36-41.