Biopolym. Cell. 1990; 6(6):14-21.
Построение полной карты
локального сходства двух биополимеров
(программа DotHelix пакета GenBee)
- Научно-производственный кооператив «Комби»
Советско-франко-итальянское предприятие «Интерквадро»
Москва, СССР - Межфакультетская научно-исследовательская лаборатория им. А. Н. Белозерского,
Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова
Москва, СССР - Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов АМН СССР
Московская обл., СССР
Abstract
В работе предложен новый алгоритм построения полной карты локального сходства
двух биополимеров, значительно более быстрый по сравнению с известным алгоритмом
Альтшуля — Эриксона. Haш алгоритм реализован в программе DotHelix из пакета GenBee. Эффективность алгоритма по сравнению с традиционным методом Стадена и работа программы DotHelix проиллюстрированы на примере сопоставления полипротеинов
двух штаммов вируса полиомиелита. Кратко обсуждены возможные области применения
предлагаемой программы.
Полный текст: (PDF, на русском)
References
[1]
Staden R. An interactive graphics program for comparing and aligning nucleic acid and amino acid sequences. Nucleic Acids Res. 1982;10(9):2951-61.
[2]
Altschul SF, Erickson BW. A nonlinear measure of subalignment similarity and its significance levels. Bull Math Biol. 1986;48(5-6):617-32.
[3]
Dayhoff MO, Barker WC, Hunt LT. Establishing homologies in protein sequences. Methods Enzymol. 1983;91:524-45.
[4]
Gorbalenia AE, Donchenko AP, Blinov VM. Possible common origin of poliovirus proteins responsible for different functions. Mol Gen Mikrobiol Virusol. 1986;(1):36-41.