Biopolym. Cell. 1990; 6(6):14-21.
Побудова повної карти локальної подібності двох біополімерів (програма DotHelix пакета GenBee)
- Науково-виробничий кооператив «Комбі»
Радянсько-франко-італійське підприємство «Інтерквадро»
Москва, СРСР - Міжфакультетська науково-дослідна лабораторія ім. А. Н. Білозерського,
Московський державний університет
Москва, СРСР - Інститут поліомієліту та вірусних енцефалітів АМН СРСР
Московська обл., СРСР
Abstract
Запропоновано новий алгоритм побудови повної карти локальної подібності двох біополімерів, значно швидший порівняно з відомим алгоритмом Альтшуля?Еріксона. Haш алгоритм реалізований у програмі DotHelix з пакету GenBee. Ефективність алгоритму порівняно з традиційним методом Стадена і робота програми DotHelix проілюстровано на прикладі зіставлення поліпротеїнів двох штамів вірусу поліомієліту. Коротко обговорено можливі галузі застосування пропонованої програми.
Повний текст: (PDF, російською)
References
[1]
Staden R. An interactive graphics program for comparing and aligning nucleic acid and amino acid sequences. Nucleic Acids Res. 1982;10(9):2951-61.
[2]
Altschul SF, Erickson BW. A nonlinear measure of subalignment similarity and its significance levels. Bull Math Biol. 1986;48(5-6):617-32.
[3]
Dayhoff MO, Barker WC, Hunt LT. Establishing homologies in protein sequences. Methods Enzymol. 1983;91:524-45.
[4]
Gorbalenia AE, Donchenko AP, Blinov VM. Possible common origin of poliovirus proteins responsible for different functions. Mol Gen Mikrobiol Virusol. 1986;(1):36-41.