Теоретичний аналіз В–А-переходу у кільцевих ДНК
DOI:
https://doi.org/10.7124/bc.0001BCАнотація
Теоретично розглянуто вплив надспіралізації ДНК на В–А-перехід, індукований збільшенням концентрації спирту в розчині. Всі передбачувані теорією ефекти радикальним чином залежать від параметра, що характеризує зміну кута спірального обертання при В–А-переході. Обговорюються можливості визначення цього параметра з порівняння теорії з експериментом.Посилання
Lilley DM. The inverted repeat as a recognizable structural feature in supercoiled DNA molecules. Proc Natl Acad Sci U S A. 1980;77(11):6468-72.
Panayotatos N, Wells RD. Cruciform structures in supercoiled DNA. Nature. 1981;289(5797):466-70.
Wang JC, Peck LJ, Becherer K. DNA supercoiled and its effects on DNA structure and function. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1982; 47:85-91.
Peck LJ, Wang JC. Energetics of B-to-Z transition in DNA. Proc Natl Acad Sci U S A. 1983;80(20):6206-10.
Panyutin I, Lyamichev V, Mirkin S. A structural transition in d(AT)n.d(AT)n inserts within superhelical DNA. J Biomol Struct Dyn. 1985;2(6):1221-34.
Vologodskii AV, Frank-Kamenetskii MD. Theoretical study of cruciform states in superhelical DNAs. FEBS Lett. 1982;143(2):257-60.
Frank-Kamenetskii MD, Vologodskii AV. Thermodynamics of the B-Z transition in superhelical DNA. Nature. 1984 Feb 2-8;307(5950):481-2.
Fuller W, Wilkins MH, Wilson HR, Hamilton LD. The molecular configuration of deoxyribonucleic acid. IV. X-ray diffraction study of the A-form. J Mol Biol. 1965;12:60-76.
Ivanov VI, Minchenkova LE, Minyat EE, Frank-Kamenetskii MD, Schyolkina AK. The B to A transition of DNA in solution. J Mol Biol. 1974;87(4):817-33.
Shlyakhtenko LS. A study of the B-A transition in DNA by gel electrophoresis. J Biomol Struct Dyn. 1984;1(6):1511-23.
Ivanov VI, Krylov DYu, Minyat EE, Minchenkova LE. B-A transition in DNA. J Biomol Struct Dyn. 1983;1(2):453-60.
Vedenov AA, Dykhne AM, Frank-Kamenetskii MD. The helix-coil transition in DNA. Uspekhi fizicheskikh nauk. 1971; 105 (2) :479-519.
Frank-Kamenetskii M D, Vologodskii A V. Topological aspects of the physics of polymers: The theory and its biophysical applications. Sov Phys Usp. 1981;24(8): 679–96.
Horowitz DS, Wang JC. Torsional rigidity of DNA and length dependence of the free energy of DNA supercoiling. J Mol Biol. 1984;173(1):75-91.
Zavriev SK, Minchenkova LE, Frank-Kamenetskii MD, Ivanov VI. On the flexibility of the boundaries between the A-form and B-form sections in DNA molecule. Nucleic Acids Res. 1978;5(7):2657-63.
Lee CH, Mizusawa H, Kakefuda T. Unwinding of double-stranded DNA helix by dehydration. Proc Natl Acad Sci U S A. 1981;78(5):2838-42.
Frank-Kamenetskii MD, Lukashin AV, Anshelevich VV, Vologodskii AV. Torsional and bending rigidity of the double helix from data on small DNA rings. J Biomol Struct Dyn. 1985;2(5):1005-12.
Gray DM, Taylor TN, Lang D. Dehydrated circular DNA: circular dichroism of molecules in ethanolic solutions. Biopolymers. 1978;17(1):145-57.
