Алгоритм прискореної побудови точкових матриць гомології
DOI:
https://doi.org/10.7124/bc.0002ACАнотація
Метод аналізу гомологічних ділянок за допомогою точкових матриць гомології складається із знаходження відображення на прямокутній матриці загальних для двох послідовностей слів, цебто послідовностей довжиною W, в яких співпадають не менше M літер. Запропоновано алгоритм прискореного створення таких матриць з різними параметрами фільтрації.Посилання
Gibbs AJ, McIntyre GA. The diagram, a method for comparing sequences. Its use with amino acid and nucleotide sequences. Eur J Biochem. 1970;16(1):1-11.
Staden R. An interactive graphics program for comparing and aligning nucleic acid and amino acid sequences. Nucleic Acids Res. 1982;10(9):2951-61.
Golovanov EI, Shepelev VA, Aleksandrov AA. Software system for the study of nucleotide sequences on microcomputers Iskra-226. Theor. research and molecular data base on biology and genetics. Novosibirsk, 1986:59-60.
Завантаження
Опубліковано
1991-01-20
Номер
Розділ
Biopolymers and Cell
