Пакет програм для аналізу послідовностей біополімерів: GenBee
DOI:
https://doi.org/10.7124/bc.000048Анотація
В роботі описується пакет програм GenBee, призначений для аналізу біологічних послідовностей. Пакет орієнтований головним чином на задачі теоретичної молекулярної біології і поєднує зручний для користування інтерфейс з розвинутими сучасними алгоритмами (в тому числі оригінальні). Він написаний на мові Ci і пригодниіі для роботи на комп'ютерах типу IBM PC.Посилання
Koonin EV, Chumakov KM, Gorbalenya AE. A method for search of structure motifs in amlnoacid sequences program site of the GenBee package. Biopolym Cell. 1990; 6(6):42-48.
Trifonov EN. Translation framing code and frame-monitoring mechanism as suggested by the analysis of mRNA and 16 S rRNA nucleotide sequences. J Mol Biol. 1987;194(4):643-52.
Leontovich AM, Brodsky LI, Gorbalenya AE. Compile of a complete map of local similarity for two biopolymers (DotHelix PROGRAM of the GenBee package). Biopolym Cell. 1990; 6(6):14-21.
Brodsky LI, Drachev AL, Leontovich AM. A novel method of multiple sequence alighment of biopolymers (program H-Align of the GenBee package). Biopolym Cell. 1991; 7(1):14-22.
Lipman DJ, Pearson WR. Rapid and sensitive protein similarity searches. Science. 1985;227(4693):1435-41.
Hartigan JA. Clastering algorithms. New York: John Wiley and Sons, 1975. 256 p.
Chumakov KM, Iushmanov SV. A principle of maximum topological similarity in molecular systematics. Mol Gen Mikrobiol Virusol. 1988;(3):3-9.
Kunin EV, Chumakov KM, Iushmanov SV, Gorbalenia AE. Evolution of RNA-dependent RNA-polymerases from positive RNA viruses: comparison of phylogenetic trees constructed by different methods. Mol Gen Mikrobiol Virusol. 1988;(3):16-9.
Gibrat JF, Garnier J, Robson B. Further developments of protein secondary structure prediction using information theory. New parameters and consideration of residue pairs. J Mol Biol. 1987;198(3):425-43.
Gultyaev AP, Monakov YuN. The method for RNA secondary structure construction on the basis of self-organization principles. Biopolym Cell. 1990;6(6):31-36.
