Дослідження симетрії генетичних текстів методом Фур’є-аналізу
DOI:
https://doi.org/10.7124/bc.0002A3Анотація
Запропоновано метод класифікації симетричних структур одноланцюгової ДНК, що використовує поняття кольорової симетрії. Наведено систематичне перерахування кольорових точкових і просторових груп. Для пошуку структур з інверсійною симетрією пропонується використовувати фур’є-аналіз з фільтрацією, заснованою на симетричному числовому кодуванні нуклеотидної послідовності. Прямі повтори виявляються за допомогою фур’є-аналізу як першого етапу пошуку, що істотно скорочує число операцій порівняння. Методи апробовано на модельних послідовностях і областях ініціації реплікації прокаріотичного геному.Посилання
Kornberg A. 14th Sir Hans Krebs Lecture. Mechanisms of replication of the Escherichia coli chromosome. Eur J Biochem. 1983;137(3):377-82.
Watson JD, Tooze J, Kurtz T. Recombinant DNA: A Short Course. New York, W H Freeman 1983; 260 p.
Pribnow D. Biological regulation and development. Gene expression. New York: Plenum press, 1979; 1(4): 219-77.
Ellis JG, Llewellyn DJ, Walker JC, Dennis ES, Peacock WJ. The ocs element: a 16 base pair palindrome essential for activity of the octopine synthase enhancer. EMBO J. 1987;6(11):3203-8.
Solov'yev VV, Kel' AE, Rogozin IV, Kolchanov NA. Introduction to the theory of genetic texts. Novosibirsk, Izd-vo Novosib. un-ta, 1987; 92 p.
Vaynshteyn PK. Crystal symmetry. Modern Crystallography. Moscow, Nauka, 1979; Vol. 1. 383 p.
Zamorzayev AM, Galyarskiy EI, Palistrant AF. Color symmetry, its generalizations and applications. Kishinev, Shtiintsa, 1978; 277 p.
Liquori AM, Ripamonti A, Sadun C, Ottani S, Braga D. Pattern recognition of sequence similarities in globular proteins by Fourier analysis: a novel approach to molecular evolution. J Mol Evol. 1986;23(1):80-7.
Cosić I, Nesic D. Prediction of 'hot spots' in SV40 enhancer and relation with experimental data. Eur J Biochem. 1987;170(1-2):247-52.
Mironov AA, Aleksandrov NN. A rapid method of searching for homology of nucleic acid sequences. Biofizika. 1988;33(2):229-32.
