Комп’ютерна система дослідження ролі полінуклеотидного контексту у виникненні точкових мутацій
DOI:
https://doi.org/10.7124/bc.00029BАнотація
На сьогодні є багато свідчень на користь важливої ролі полинуклеотидного контексту (конкретних варіантів полінуклеотидних послідовностей) у виникненні мутацій. Однак молекулярні механізми, за якими полинуклеотидной контекст впливає на появу мутацій, наразі залишаються малодослідженими. Розробка ефективних методів секвенування призвела до швидкого накопичення даних про локалізацію мутацій у послідовностях ДНК. Нами створено комп’ютерну систему для аналізу особливостей полинуклеотидного контексту, що впливають на виникнення мутацій. Вона складається з двох частин: банку даних мутаційних подій і комплексу методів аналізу зв’язку особливостей контексту з виникненням поодиноких і множинних замін.Посилання
Ripley LS. Model for the participation of quasi-palindromic DNA sequences in frameshift mutation. Proc Natl Acad Sci U S A. 1982;79(13):4128-32.
Kolchanov NA, Solovyov VV, Rogozin IB. Peculiarities of immunoglobulin gene structures as a basis for somatic mutation emergence. FEBS Lett. 1987;214(1):87-91.
Burns PA, Gordon AJ, Glickman BW. Influence of neighbouring base sequence on N-methyl-N'-nitro-N-nitrosoguanidine mutagenesis in the lacI gene of Escherichia coli. J Mol Biol. 1987;194(3):385-90.
Golding GB, Glickman BW. Sequence-directed mutagenesis: evidence from a phylogenetic history of human alpha-interferon genes. Proc Natl Acad Sci U S A. 1985;82(24):8577-81.
Drake JW, Baltz RH. The biochemistry of mutagenesis. Annu Rev Biochem. 1976;45:11-37.
Salganik RI, Mazin AV, Dianov GL, Ovchinnikova LP. Induction of repetitive nucleotide sequences. The probable mechanisms of genome evolution and gene conversion. Genetika. 1984;20(8):1244-54.
Lewin B. Genes. (2nd Edition). New York, John Wiley & Sons, 1985; 734 p.
Watson JD. Molecular biology of the gene. New York, W. A. Benjamin, 1970; 2nd Ed. 662 p.
Meselson MS, Radding CM. A general model for genetic recombination. Proc Natl Acad Sci U S A. 1975;72(1):358-61.
Kunkel TA. The mutational specificity of DNA polymerases-alpha and -gamma during in vitro DNA synthesis. J Biol Chem. 1985;260(23):12866-74.
Topal MD, Eadie JS, Conrad M. O6-methylguanine mutation and repair is nonuniform. Selection for DNA most interactive with O6-methylguanine. J Biol Chem. 1986;261(21):9879-85.
Gearhart PJ, Bogenhagen DF. Clusters of point mutations are found exclusively around rearranged antibody variable genes. Proc Natl Acad Sci U S A. 1983;80(11):3439-43.
Reynaud CA, Anquez V, Grimal H, Weill JC. A hyperconversion mechanism generates the chicken light chain preimmune repertoire. Cell. 1987;48(3):379-88.
Rogozin IB, Solovyev VV, Kolchanov NA. Context predetermination of the mutation process (somatic, spontaneous and induced point mutations). Novosibirsk, (Preprint. USSR Academy of Sciences, Institute of Cytology and Genetics, N 08031). 1988, 54 p.
Berek C, Griffiths GM, Milstein C. Molecular events during maturation of the immune response to oxazolone. Nature. 1985 Aug 1-7;316(6027):412-8.
Rabbitts TH, Hamlyn PH, Baer R. Altered nucleotide sequences of a translocated c-myc gene in Burkitt lymphoma. Nature. 1983 Dec 22-1984;306(5945):760-5.
Hauser J, Levine AS, Dixon K. Unique pattern of point mutations arising after gene transfer into mammalian cells. EMBO J. 1987;6(1):63-7.
