Побудова повної карти локальної подібності двох біополімерів (програма DotHelix пакета GenBee)

Автор(и)

  • А. М. Леонтович Науково-виробничий кооператив «Комбі» Радянсько-франко-італійське підприємство «Інтерквадро» Москва, СРСР Автор
  • Л. І. Бродський Науково-виробничий кооператив «Комбі» Радянсько-франко-італійське підприємство «Інтерквадро» Москва, СРСР; Міжфакультетська науково-дослідна лабораторія ім. А. Н. Білозерського, Московський державний університет Москва, СРСР Автор
  • А. Є. Горбаленя Інститут поліомієліту та вірусних енцефалітів АМН СРСР Московська обл., СРСР Автор

DOI:

https://doi.org/10.7124/bc.00029A

Анотація

Запропоновано новий алгоритм побудови повної карти локальної подібності двох біополімерів, значно швидший порівняно з відомим алгоритмом Альтшуля?Еріксона. Haш алгоритм реалізований у програмі DotHelix з пакету GenBee. Ефективність алгоритму порівняно з традиційним методом Стадена і робота програми DotHelix проілюстровано на прикладі зіставлення поліпротеїнів двох штамів вірусу поліомієліту. Коротко обговорено можливі галузі застосування пропонованої програми.

Посилання

Staden R. An interactive graphics program for comparing and aligning nucleic acid and amino acid sequences. Nucleic Acids Res. 1982;10(9):2951-61.

Altschul SF, Erickson BW. A nonlinear measure of subalignment similarity and its significance levels. Bull Math Biol. 1986;48(5-6):617-32.

Dayhoff MO, Barker WC, Hunt LT. Establishing homologies in protein sequences. Methods Enzymol. 1983;91:524-45.

Gorbalenia AE, Donchenko AP, Blinov VM. Possible common origin of poliovirus proteins responsible for different functions. Mol Gen Mikrobiol Virusol. 1986;(1):36-41.

biopolym.cell-1990-6-6-cover.png

Завантаження

Опубліковано

1990-11-20

Номер

Том 6 № 6 (1990)

Розділ

Biopolymers and Cell