Препаративне отримання рібоолігонуклеотідов заданого будови шляхом транскрипції дезоксирибоолигонуклеотидов
DOI:
https://doi.org/10.7124/bc.00026BАнотація
Транскрипція дезоксирибоолігонуклеотидних матриць у системі РНК-полімерази Escherichia coli є одним із перспективних методів отримання рибоолігонуклеотидів заданої будови. Для одержання препаративних кількостей AGGGGAUUGAAAAUC-фрагмента антикодонової петлі фенілаланінової тРНК і AUGAGGAAUACCCAUG-фрагмента РНК фага MS2 проведено транскрипцію комплементарних дезоксирибоолігонуклеотидів. Рівень включення нуклеотидів у продукт транскрипції при цьому становив не менше 70 % нуклеотидного матеріалу матриці. Розроблено процедуру вилучення транскрипта з реакційної суміші, що включає хроматографію на гепарин-агарозі, хроматографію на гідрофобному сорбенті Lichroprep RP18 і електрофорез у 20 %-му поліакриламідному гелі з подальшою електроелюцією цільового продукту з гелю. При використанні в РНК-полімеразній реакції 5 о. о. A260 дезоксирибоматриці кінцевий вихід точної РНК-копії склав 1,0–1,5 о. о. A260.Посилання
Denisova LIa, Zagrebel'nyĭ SN, Pustoshilova NM. Template activity of pyrimidine deoxyribooligonucleotides in the E. coli polymerase system. Mol Biol. 1974;8(5):643-50.
Badashkeeva AG, Denisova LIa, Zagrebel'nyĭ SN, Knorre DG, Pustoshilova NM. Template properties of the decadeoxynucleotide d(pCCACGAAACC) in the RNA polymerase system of Escherichia coli. Mol Biol (Mosk). 1978;12(2):327-33.
Belova NV, Denisova LIa, Zagrebel'nyĭ SN, Pustoshilova NM, Saĭkovich EG. Transcription of synthetic oligonucleotides. Mol Biol (Mosk). 1979;13(4):845-53.
Denisova LIa, Zagrebel'nyĭ SN, Kutiavin IV, Pustoshilova NM. Continuous copying of the short matrices of DNA-dependent RNA-polymerase. Dokl Akad Nauk SSSR. 1982;267(2):475-8.
Gryaznov SM, Gorn VV, Zarytova VF, Kumarev VP, Levina AS, Polishchuk AS, Potapov VK, Potemkin GA, Sredin YuG, Shabarova ZA. Automatic synthesis of oligodeoxyribonucleotides with phosphoramidite method on the "Victoria-4M."Izvestiya Sibirskogo Otdeleniya Akad. Nauk SSSR. Ser. Khim. Nauk. 1987; 2(1):119-23.
Volkov EM, Gryaznov SM, Krynetskaya NF, Oretskaya TS, Potapov VK. Comparative characteristics of the methods of synthesis oligodeoxyribonucleoside-3'-phosphate. Khimiia prirodnykh soedineniy. 1986; (2):228-34.
Ven'iaminova AG, Ovcharenko GV, Repkova MN, Frank LA. Synthesis of leucine codons and their use in the study of tRNALeu codon correspondence. Mol Biol (Mosk). 1984;18(5):1376-9.
Maniatis T, Jeffrey A, van deSande H. Chain length determination of small double- and single-stranded DNA molecules by polyacrylamide gel electrophoresis. Biochemistry. 1975;14(17):3787-94.
Richardson CC. Phosphorylation of nucleic acid by an enzyme from T4 bacteriophage-infected Escherichia coli. Proc Natl Acad Sci U S A. 1965;54(1):158-65.
Donis-Keller H, Maxam AM, Gilbert W. Mapping adenines, guanines, and pyrimidines in RNA. Nucleic Acids Res. 1977;4(8):2527-38.
Nath K, Hurwitz J. Covalent attachment of ribonucleotides at 3'-hydroxyl ends of deoxyribonucleic acid catalyzed by deoxyribonucleic acid-dependent ribonucleic acid polymerase of Escherichia coli. J Biol Chem. 1974;249(8):2605-15.
