Вибіркове введення флюорофоров на кінці РНК для дослідження її макромолекулярної структури в розчині
DOI:
https://doi.org/10.7124/bc.0000C4Анотація
Описано мічення кінцевих залишків полірибонуклеотидів флуоресцентними мітками. Реакції проходять у водному середовищі з високими виходами (90–100 %) і не супроводжуються модифікацією внутрішніх нуклеотидів. Наведено спектроскопічні характеристики флуорофоров, ковалентно пов’язаних з РНК. Методом синглет-синглетного перенесення енергії визначено відстані між кінцями олігоуридилатів різної довжини в дуплексі полі (U)·полі (А).Посилання
Odom OW Jr, Robbins DJ, Lynch J, Dottavio-Martin D, Kramer G, Hardesty B. Distances between 3' ends of ribosomal ribonucleic acids reassembled into Escherichia coli ribosomes. Biochemistry. 1980;19(26):5947-54.
Epe B, Woolley P, Steinhauser KG, Littlechild J. Distance measurement by energy transfer: the 3' end of 16-S RNA and proteins S4 and S17 of the ribosome of Escherichia coli. Eur J Biochem. 1982;129(1):211-9.
Mishenina GF, Samukov VV, Shubina TN. Selective modification of monosubstituted Phosphate grouPs in nucleoside and oligonucleotide 5'-mono- and PolyPhosPhates. Russian Journal of Bioorganic Chemistry. 1979; 5(6):886-94.
Mochalova LV, Shatsky IN, Bogdanov AA. Selective modification of 5'-terminal Phosphate groups of transfer and ribosomal RNAs. Russian Journal of Bioorganic Chemistry. 1982; 8(2):239-42.
Yang CH, Soll D. Covalent attachment of fluorescent groups to the 5'-end of transfer RNA. Arch Biochem Biophys. 1973;155(1):70-81.
Gottikh MB, Ivanovskaya MG, Shabarova ZA. Synthesis of phosphoramidates of mono- and oligonucleotides in aqueous media. Russian Journal of Bioorganic Chemistry. 1983; 9(8):1063-7.
Stolle R, Hofmann K. Ueber Hydrazincarbonsaure. Ber Dtsch Chem Ges. 1904;37(4):4523–4.
Forster Th. Intermolecular energy transfer migration and fluorescence. Ann Phys. 1948; 2:55-75.
Reines SA, Schulman LH. A new method for attachment of fluorescent probes to tRNA. Methods Enzymol. 1979;59:146-56.
Kochetkov NK, Budovskiy EI, Sverdlov ED, Simukova NA, Turchinskiy MF, Shibayev VN. Organic chemistry of nucleic acids. Ed. NK Kochetkov. Moscow, Khimiya, 1970; 718 P.
Hansske F, Sprinzl M, Cramer F. Reaction of the ribose moiety of adenosine and AMP with periodate and carboxylic acid hydrazides. Bioorg Chem. 1974;3(4):367–76.
Scott TG, Spenser RD, Leonard NJ, Weber G. Emission Properties of NADH. Studies of fluorescent lifetimes and quantum efficiencies of NADH, AcPyADH, and simPlified syntheticmodels. J Amer Chem Soc. 1970; 92(3):687-95.
Sasisekharen V, Sigler PB. An X-ray diffraction study of poly (A+U). J Mol Biol. 1965;12:296-8.
Haas E, Katchalski-Katzir E, Steinberg IZ. Effect of the orientation of donor and acceptor on the probability of energy transfer involving electronic transitions of mixed polarization. Biochemistry. 1978;17(23):5064-70.
