Роль міжнуклеотидних фосфатів і вплив некомплементарних замін в олігонуклеотидних субстратах на взаємодію з ДНК-метилазою Ecodam
DOI:
https://doi.org/10.7124/bc.000039Анотація
Досліджували взаємодію ДНК-метилази Ecodam з синтетичними субстратами, що мають різні порушення в ділянці упізнавання ферменту. Недосконалі олігонуклеотидні комплекси містили в одному з ланцюгів послідовності упізнавання GАТС низку дефектів: пропуск одного або декількох нуклеотидів, наявність у місці розриву олігонуклеотидного ланцюга 5-метилтіофосфатного залишку, некомплементарни заміна Ade на Gua або Gua на Ade. Присутність 5-метилтіофосфатного залишку не чинить істотного впливу на метилюванняв порівняно з аналогічними субстратами, які не містять міжнуклеотидного фосфату. Введення некомплементарної пари основ у ділянку впізнавання призводить до втрати субстратних властивостей таких недосконалих дуплексів.Посилання
Geier GE, Modrich P. Recognition sequence of the dam methylase of Escherichia coli K12 and mode of cleavage of Dpn I endonuclease. J Biol Chem. 1979;254(4):1408-13.
Hattman S, Brooks JE, Masurekar M. Sequence specificity of the P1 modification methylase (M.Eco P1) and the DNA methylase (M.Eco dam) controlled by the Escherichia coli dam gene. J Mol Biol. 1978;126(3):367-80.
Bur'ianov IaI, Zakharenko VN, Baev AA. Isolation, purification and properties of adenine DNA methylase Eco dam. Dokl Akad Nauk SSSR. 1981;259(6):1492-5.
Zinov'ev VV, Gorbunov IuA, Popov SG, Malygin EG, Bur'ianov IaI. Effect of Ecodam DNA-methylase on single-stranded sequences and synthetic oligonucleotides. Mol Biol (Mosk). 1985;19(4):947-54.
Buryanov YaI, Zinoviev VV, Vienozhinskis MT, Malygin EG, Nesterenko VF, Popov SG, Gorbunov YuA. Does the DNA methylase Eco dam pair nucleotide sequences to form site-specific duplexes? FEBS Lett. 1984;168(1):166-8.
Hirose T, Crea R, Itakura K. Rapid synthesis of trideoxyribonucleotide blocks. Tetrahedron Lett. 1978;19(28):2449–52.
Reese CB, Yau L. O-aryl S-methyl phosphorochloridothioates: terminal phosphorylating agents in the phosphotriester approach to oligonucleotide synthesis. J Chem Soc, Chem Commun. 1978;(23):1050-2.
Brooks JE, Blumenthal RM, Gingeras TR. The isolation and characterization of the Escherichia coli DNA adenine methylase (dam) gene. Nucleic Acids Res. 1983;11(3):837-51.
Herman GE, Modrich P. Escherichia coli dam methylase. Physical and catalytic properties of the homogeneous enzyme. J Biol Chem. 1982;257(5):2605-12.
Tuzikov FV, Zinov'ev VV, Iashina LN, Vavilin VI, Gorbunov IuA. Study of the substrate-induced changes in the state of Eco dam methylase using a method of small-angle x-ray scattering. Mol Biol (Mosk). 1986;20(4):1002-7.
Rechkunova N. I., Zinoviev V. V., Malygin E. G., Gorbunov Yu. A., Popov S. G., Nesterenko V. F., Buriyanov Ya. I. Dimerization of EcoDam-methylase induced by the oligonucleotide substrate. Biopolym. Cell. 1987; 3(3):152-154
