Електрофоретичне дослідження конформаційних переходів у полі(G) під дією моновалентних катіонів
DOI:
https://doi.org/10.7124/bc.00075EКлючові слова:
полі(G), конформаційні переходи гомо полірибонуклеотидів, електрофорез, толуїдиновий блакитний, електронні спектри поглинання.Анотація
Вперше методом електрофорезу досліджено конформаційні переходи в полі(G) під дією солі. Показано, що при концентрації моновалентних катіонів > 10 мМ спостерігається тільки одна зона полімеру, яка відповідає його чотирьохланцюговій формі; при нижчих концентраціях солі визначаються дві зони, що перекриваються. Повільніше мігруюча зона відповідає чотирьохланцюговій формі полі(G), а швидше мігруюча — одно-ланцюговій. Наведено електронні спектри поглинання низки гомополірибонуклеотидів, забарвлених толуїдиновим блакитним (ТБ) в агарозних гелях. Показано, що форма спектра залежить як від гомополімеру, так і від його конформації Δλmax спектрів поглинання ТБ у комплексі з одно- і чотирьох- ланцюговою формами полі(G) складає близько 20 нм.Посилання
Zarudna MI, Hovorun DM. Self-associated homopolymer tracts of cellular RNAs: physical mechanisms of formation and function. Physics of the Alive. 1999; 7(2): 38-52.
Saenger W. Principles of nucleic acid structure. New York: Springer, 1984; 556 p.
Zarudnaya MI, Potyahaylo AL, Kolomiets IM, Hovorun DM. Auxiliary elements of mammalian pre-mRNAs polyadenylation signals. Biopolym Cell. 2002; 18(6):500-17.
Matunis MJ, Xing J, Dreyfuss G. The hnRNP F protein: unique primary structure, nucleic acid-binding properties, and subcellular localization. Nucleic Acids Res. 1994;22(6):1059-67.
Gwack Y, Kim DW, Han JH, Choe J. Characterization of RNA binding activity and RNA helicase activity of the hepatitis C virus NS3 protein. Biochem Biophys Res Commun. 1996;225(2):654-9.
Achsel T, Stark H, Lührmann R. The Sm domain is an ancient RNA-binding motif with oligo(U) specificity. Proc Natl Acad Sci U S A. 2001;98(7):3685-9.
Zarudnaya MI, Zheltovsky NV. Determination of association constants for the interaction between homopolyribonucleotides and lysine derivative by agarose gel electrophoresis. Mol Biol (Mosk). 1989; 23(1):215–224.
Zarudnaya MI, Zheltovsky NV. Affinity electrophoresis study on the interaction between homopolyribonucleotides and divalent lysine complex. Mol Biol (Mosk). 1992; 26(1):110-7.
Zarudnaia MI, ZHeltovskiĭ NV. [Electrophoretic study of conformational transitions in poly(A) at acid pHs]. Mol Biol (Mosk). 1995;29(5):1040-7.
Zarudnaia MI. [Study of conformational transitions in poly(A) using the buffer capacity method]. Mol Biol (Mosk). 1998;32(3):508-14.
Zarudnaya MI, Potyahaylo AL, Hovorun DM. Conformational transitions of poly(C) and poly(dC): study by the proton buffer capacity method. Biopolym Cell. 2000; 16(6):495-504.
Zarudnaya MI, Samijlenko SP, Potyahaylo AL, Hovorun DM. Structural transitions in polycytidylic acid: proton buffer capacity data. Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2002;21(2):125-37.
Fresco JR, Massoulie J. Polynucleotides. V. Helix-coil transition of polyriboguanylic acid. J Am Chem Soc. 1963;85(9):1352–3.
Pochon F, Michelson AM. Polynucleotides. VI. Interaction between polyguanylic acid and polycytidylic acid. Proc Natl Acad Sci U S A. 1965;53(6):1425-30.
Lesnik EA, Kochkina IM, Tikhonenko AS, Varshavskiĭ IaM. [Structure of polyriboguanylic acid in solution]. Mol Biol (Mosk). 1980;14(4):820-9.
Lesnik EA, Maslova RN, Varshavskiĭ IaM. [Influence of ionic strength and temperature on the structure of poly(G) in solution 1H replaced by 3H exchange method]. Mol Biol (Mosk). 1981;15(1):161-6.
Souleil C, Panijel J. Immunochemistry of polyribonucleotides. Study of polyriboinosinic and polyriboguanylic acids. Biochemistry. 1968;7(1):7-13.
Rice J, Lafleur L, Medeiros GC, Thomas GJ. Raman studies of nucleic acids. IX: A salt-induced structural transition in poly(rG). J Raman Spectrosc. 1973;1(2):207–15.
Mergny JL, De Cian A, Ghelab A, Saccà B, Lacroix L. Kinetics of tetramolecular quadruplexes. Nucleic Acids Res. 2005;33(1):81-94.
Zarudnaya MI, Stepanyugin AV, Potyahaylo AL, Hovorun DM. Conformational transitions in homopolyribonucleotides under electrophoresis. IV Congress of Ukrainian Biophysical Society: Abstracts book. Donets'k, 2006:295-6.
Antony T, Atreyi M, Rao MV. Spectroscopic studies on the binding of methylene blue to poly(riboadenylic acid). J Biomol Struct Dyn. 1993;11(1):67-81.
Imae T, Hayashi S, Ikeda S, Sakaki T. Interaction between acridine orange and polyriboadenylic acid. Int J Biol Macromol. 1981;3(4):259–66.
Imae T, Hayashi S, Ikeda S. Calculation of induced circular dichroism of acridine orange-poly(riboadenylic acid) complexes and confirmation of their structure. Macromolecules. 1987;20(3):589–97.
