Механізм взаємодії N1-глікозидів 6-азацитозину з каталітичним сайтом ДНК-залежної РНК-полімерази фага Т7: модельне квантово- хімічне дослідження
DOI:
https://doi.org/10.7124/bc.000714Ключові слова:
ДНК-залежна РНК-полімераза фага Т7, азануклеозиди, N1-глікозиди 6-азацитозину.Анотація
Неемпіричним методом квантової хімії на рівні теорії HFl6-31G(d, р) вперше зафіксовано знание збільшення величини заряду атома N6 азануклеозидів у моделі каталітичного сайта ДНК-залежної РНК-полімерази фага 77. Блокування іона Mg2+ додатковою взаємодією з атомом азоту N6 в комплексі азануклеозид–метал–Туг639 знижує швидкість елонгації, що експериментально підтверджено істотним зменшенням кількості синтезованої РНК за одиницю часу.Посилання
Palchikovs'ka LG, Garmanchouk LV, Alexeeva IV, Usenko LS, Shestakova TS, Solyanik GI, Shved AD, Chekhun VF. The N1-glycosilic analogues of 6-azacytidine. Cytotoxic effect and influence on transcription in vitro. Biopolym Cell. 2005; 21(5):433-9.
Alexeeva I, Dyachenko N, Nosach L, Zhovnovataya V, Rybalko S, Lozitskaya R, Fedchuk A, Lozitsky V, Gridina T, Shalamay A, Palchikovskaja L, Povnitsa O. 6-azacytidine--compound with wide spectrum of antiviral activity. Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2001;20(4-7):1147-52.
Platonov MO, Hovorun DM, Alexeeva IV, Sudakov OO, Boiko YuV, Pal'chykovs'ka LG. Nonempirical quantum-chemical conformational analysis of 6-azacytidine, a modified nucleoside with a wide spectrum of biological activities. Dopovidi Nats Akad Nauk Ukrainy. 2004;(3):163-9.
Temiakov D, Patlan V, Anikin M, McAllister WT, Yokoyama S, Vassylyev DG. Structural basis for substrate selection by t7 RNA polymerase. Cell. 2004;116(3):381-91.
Schmidt MW, Baldridge KK, Boatz JA, Elbert ST, Gordon MS, Jensen JH, et al. General atomic and molecular electronic structure system. J Comp hem. 1993;14(11):1347–63.
