Biopolym. Cell. 2019; 35(5):333-339.
Биомедицина
Панель STR-маркеров для анализа сцепления и CNV хромосомной области 6p21.31
1Грищенко Н. В., 2Кириченкова А. П., 1Гордиюк В. В., 1Кравченко С. А., 1, 3Кашуба В. И.
  1. Институт молекулярной биологии и генетики НАН Украины
    ул. Академика Заболотного, 150, Киев, Украина, 03143
  2. Учебно-научный центр «Институт биологии и медицины»
    Киевского национального университета имени Тараса Шевченко
    ул. Владимирская, 64/13, Киев, Украина, 01601
  3. Каролинский институт
    Стокгольм SE-171 77, Швеция

Abstract

Цель. Cоздание панели информативных STR-маркеров локуса HLA для анализа геномных перестроек при различных типах злокачественных опухолей, а также для выбора HLA-совместимого родственного донора для аллогенной трансплантации. Методы. Предварительный скрининг шести предполагаемых STR-маркеров, расположенных в проксимальном, центральном и дистальном отделах хромосомной области HLA (6p21,31), проводили с помощью электрофореза ПЦР-фрагментов в агарозном геле. Точное генотипирование наиболее перспективных STR-маркеров проводилось электрофоретическим разделением ПЦР-фрагментов в полиакриламидном геле на автоматическом лазерном анализаторе. Результаты. На основании полученных результатов мы отобрали три STR-локуса с наивысшими индексами гетерозиготности (ИГ): D6S2678 – HLA класса I (ИГ = 91,4 %), DQIV – класса II (ИГ = 62,8 %) и D6S2925 – класс III (ИГ = 74,3 %) в качестве потенциальных маркеров для исследования внутрисемейного сцепления и анализа CNV. Выводы. Продемонстрировано, что выбранная панель маркеров позволяет эффективно решать обе задачи: обнаружение соматических реорганизаций в различных участках локуса HLA в образцах опухолей и определение HLA-гаплотипа для выбора подходящего родственного донора для трансплантации.

References

[1] Chowell D, Morris LGT, Grigg CM, Weber JK, Samstein RM, Makarov V, Kuo F, Kendall SM, Requena D, Riaz N, Greenbaum B, Carroll J, Garon E, Hyman DM, Zehir A, Solit D, Berger M, Zhou R, Rizvi NA, Chan TA. Patient HLA class I genotype influences cancer response to checkpoint blockade immunotherapy. Science. 2018;359(6375):582-587.
[2] Doonan BP, Haque A. Prostate Cancer Immunotherapy: Exploiting the HLA Class II Pathway in Vaccine Design. J Clin Cell Immunol. 2015;6(4). pii: 351.
[3] Scepanovic P, Alanio C, Hammer C, Hodel F, Bergstedt J, Patin E, Thorball CW, Chaturvedi N, Charbit B, Abel L, Quintana-Murci L, Duffy D, Albert ML, Fellay J; Milieu Intérieur Consortium. Human genetic variants and age are the strongest predictors of humoral immune responses to common pathogens and vaccines. Genome Med. 2018;10(1):59.
[4] Howard CA, Fernandez-Vina MA, Appelbaum FR, Confer DL, Devine SM, Horowitz MM, Mendizabal A, Laport GG, Pasquini MC, Spellman SR. Recommendations for donor human leukocyte antigen assessment and matching for allogeneic stem cell transplantation: consensus opinion of the Blood and Marrow Transplant Clinical Trials Network (BMT CTN). Biol Blood Marrow Transplant. 2015;21(1):4-7.
[5] Willems T, Gymrek M, Highnam G; 1000 Genomes Project Consortium, Mittelman D, Erlich Y. The landscape of human STR variation. Genome Res. 2014;24(11):1894-904.
[6] Kashuba V, Dmitriev AA, Krasnov GS, Pavlova T, Ignatjev I, Gordiyuk VV, Gerashchenko AV, Braga EA, Yenamandra SP, Lerman M, Senchenko VN, Zabarovsky E. NotI microarrays: novel epigenetic markers for early detection and prognosis of high grade serous ovarian cancer. Int J Mol Sci. 2012;13(10):13352-77.
[7] Fesai OA, Kravchenko SA, Tyrkus MY, Makukh GV, Zinchenko VM, Strelko GV, Livshits LA. CAG polymorphism of the androgen receptor gene in azoospermic and oligozoospermic men from Ukraine. Cytol Genet. 2009; 43:401–5.
[8] Bick SL, Bick DP, Wells BE, Roesler MR, Strawn EY, Lau EC. Preimplantation HLA haplotyping using tri-, tetra-, and pentanucleotide short tandem repeats for HLA matching. J Assist Reprod Genet. 2008;25(7):323-31.
[9] Cullen M, Malasky M, Harding A, Carrington M. High-density map of short tandem repeats across the human major histocompatibility complex. Immunogenetics. 2003;54(12):900-10.
[10] Deakin JE, Papenfuss AT, Belov K, Cross JG, Coggill P, Palmer S, Sims S, Speed TP, Beck S, Graves JA. Evolution and comparative analysis of the MHC Class III inflammatory region. BMC Genomics. 2006;7:281.