Biopolymers and Cell 2012; 28(1) P 68-74
КОБАЛЬТ- І НІКЕЛЬ-ВМІСНІ ФЕРМЕНТНІ КОНСТРУКЦІЇ ІЗ ПОСЛІДОВНОСТЕЙ МЕТАНОГЕНІВ
Челлапанді П., Балачандрамохан Дж.
Університет Баратидасана
Таміл Наду, Індія
Мета. Використати консервативний домен, отриманий із послідовностей метаногенів, для конструювання ферментів. Особливу увагу приділено металоферментам, оскільки вони мають важливе еволюційне значення. Методи. Теорія молекулярної еволюції, методи молекулярного моделювання і молекулярного докінгу. Результати. Конструювання кобальт-вмісної кобальтової хелатази і нікель-вмісного коферменту F420 нередукційної гідрогенази із консервативних доменів, оточуючих металі субстрат-зв’язувальні сайти, здійснено на основі теорії молекулярної еволюції. Зроблено припущення стосовно того, що якщо будь-який фермент містить у своєму каталітичному сайті схожий або ідентичний консервативний домен, то конструкції може бути притаманна подібна каталітична активність. Використовуючи цей підхід для створення ферментної конструкції, потрібно змоделювати ділянку, яка включає такий функціональний модуль. Даний метод забезпечує високу вірогідність одержання стабільних металоферментних конструкцій із послідовностей метаногенів через їхню низьку функціональну дивергенцію. Ферментні конструкції проявили різну реакційну специфічність і спорідненість при зв’язуванні з відповідними субстратами. Висновки. Очевидно, що будуть отримані нові знання для розуміння каталітичної спроможності, а також субстрат-специфічності ферментних конструкцій. Одержані ферментні конструкції можна застосовувати в експериментах як послідовності, що походять від метаногенної археї. Ключові слова: молекулярный докінг, металоферменти, консервативні домени, молекулярна еволюція, ферментний дизайн, ферментні конструкції |
|