Biopolymers and Cell 2012; 28(1) P 68-74

КОБАЛЬТ- И НИКЕЛЬ-СОДЕРЖАЩИЕ ФЕРМЕНТНЫЕ КОНСТРУКЦИИ ИЗ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ МЕТАНОГЕНОВ

Челлапанди П., Балачандрамохан Дж.

Университет Баратидасана
Тамил Наду, Индия

Цель. Использовать консервативный домен, полученный из последовательностей метаногенов, для конструирования ферментов. Особое внимание уделено металлоферментам, поскольку они имеют важное эволюционное значение. Методы. Теория молекулярной эволюции, методы молекулярного моделирования и молекулярного докинга. Результаты. Конструирование кобальт-содержащей кобальтовой хелатазы и никель-содержащего кофермента F420 нередукционной гидрогеназы из консервативных доменов, окружающих металли субстрат-связывающие сайты, осуществлено на основе теории молекулярной эволюции. Сделано предположение о том, что если какой-либо фермент содержит в своем каталитическом сайте похожий или идентичный консервативный домен, то конструкция может обладать подобной каталитической активностью. Используя этот подход для создания ферментной конструкции, нужно моделировать участок, включающий такой функциональный модуль. Данный метод обеспечивает высокую вероятность получения стабильных металлоферментных конструкций из последовательностей метаногенов вследствие их низкой функциональной дивергенции. Ферментные конструкции проявляют различную реакционную специфичность и сродство при связывании с соответствующими субстратами. Выводы. Вероятно, будут получены новые знания для понимания каталитической способности, а также субстрат-специфичности ферментных конструкций. Полученные ферментные конструкции можно использовать в экспериментах как последовательности, происходящие от метаногенной археи.

Ключевые слова: молекулярный докинг, металлоферменты, консервативные домены, молекулярная эволюция, ферментный дизайн, ферментные конструкции

 

Summary in English
Резюме українською