Biopolymers and Cell. 2011; 27(4): 264-272
ЭНЕРГИЯ ИНТЕРКАЛЯЦИИ АРОМАТИЧЕСКИХ ГЕТЕРОЦИКЛИЧЕСКИХ ЛИГАНДОВ В ДНК И ЕЕ РАЗДЕЛЕНИЕ НА АДДИТИВНЫЕ СОСТАВЛЯЮЩИЕ
Костюков В. В.
Севастопольский национальный технический университет
ул. Университетская 33, Севастополь, Украина, 99053
Цель. Разделение экспериментальной энергии Гиббса реакции комплексообразования
с двуспиральной ДНК на отдельные энергетические составляющие для гетероциклических
соединений фаскаплизина, эллиптицина, триоксатриангулена, тионина и феносафранина.
Методы. Молекулярное моделирование (молекулярная динамика, квантово-механические расчеты).
Результаты. Вычислены энергетические вклады различных физических факторов, выполнен их
сравнительный анализ. Выводы. Показано, что основными факторами, стабилизирующими
интеркаляционные комплексы ароматических соединений при связывании с ДНК, являются
гидрофобные и ван-дер-ваальсовы взаимодействия. Вклады электростатических взаимодействий,
водородных связей в целом и энтропийных факторов являются энергетически невыгодными.
Перенос электрона от ДНК к лиганду представляется маловероятным.
|
|
| Ключевые слова: двуспиральная ДНК, интеркаляция, ароматический лиганд, энергетические вклады |