Biopolym. Cell. 1990; 6(6):68-72.
Исследование симметрии генетических текстов методом Фурье-анализа
1Волков В. В., 1Леонтьев А. Ю.
  1. Казанский государственный университет им. В. И. Ульянова-Ленина
    Казань, СССР

Abstract

В работе предложен метод классификации симметричных структур одноцепочечной ДНК, использующий понятие цветной симметрии. Приводится систематическое перечисление цветных точечных и пространственных групп. Для поиска структур с инверсионной симметрией предлагается использовать фурье-анализ с фильтрацией, основанной на симметричной числовой кодировке нуклеотидной последовательности. Прямые повторы обнаруживаются с помощью фурье-анализа как первого этапа поиска, существенно сокращающего число операций сравнения. Методы опробованы на модельных последовательностях и областях инициации репликации прокариотического генома.

References

[1] Kornberg A. 14th Sir Hans Krebs Lecture. Mechanisms of replication of the Escherichia coli chromosome. Eur J Biochem. 1983;137(3):377-82.
[2] Watson JD, Tooze J, Kurtz T. Recombinant DNA: A Short Course. New York, W H Freeman 1983; 260 p.
[3] Pribnow D. Biological regulation and development. Gene expression. New York: Plenum press, 1979; 1(4): 219-77.
[4] Ellis JG, Llewellyn DJ, Walker JC, Dennis ES, Peacock WJ. The ocs element: a 16 base pair palindrome essential for activity of the octopine synthase enhancer. EMBO J. 1987;6(11):3203-8.
[5] Solov'yev VV, Kel' AE, Rogozin IV, Kolchanov NA. Introduction to the theory of genetic texts. Novosibirsk, Izd-vo Novosib. un-ta, 1987; 92 p.
[6] Vaynshteyn PK. Crystal symmetry. Modern Crystallography. Moscow, Nauka, 1979; Vol. 1. 383 p.
[7] Zamorzayev AM, Galyarskiy EI, Palistrant AF. Color symmetry, its generalizations and applications. Kishinev, Shtiintsa, 1978; 277 p.
[8] Liquori AM, Ripamonti A, Sadun C, Ottani S, Braga D. Pattern recognition of sequence similarities in globular proteins by Fourier analysis: a novel approach to molecular evolution. J Mol Evol. 1986;23(1):80-7.
[9] Cosi? I, Nesic D. Prediction of 'hot spots' in SV40 enhancer and relation with experimental data. Eur J Biochem. 1987;170(1-2):247-52.
[10] Mironov AA, Aleksandrov NN. A rapid method of searching for homology of nucleic acid sequences. Biofizika. 1988;33(2):229-32.