Biopolym. Cell. 1990; 6(6):59-63.
Компьютерный метод поиска в нуклеотидных последовательностях участков гомологии с возможными вставками/делециями и оценка их статистической значимости
1Шахмурадов И. А., 1Гасумов В. А.
  1. Институт ботаники им. В. Л. Комарова АН Азербайджанской ССР
    Баку, СССР

Abstract

Разработан компьютерный метод, позволяющий выявить все участки гомологии с заданными характеристиками (длина участка, число несовпадений, число и размер делеций/вставок) в одной нуклеотидной последовательности или между двумя последовательностями ДНК (РНК) и оценить статистическую значимость найденных гомологий. Этот метод особо эффективен для поиска потенциальных шпилечных структур в нуклеотидных последовательностях, а также может применяться при выравнивании двух последовательностей ДНК (РНК)

References

[1] Fitch WM. An improved method of testing for evolutionary homology. J Mol Biol. 1966;16(1):9-16.
[2] Needleman SB, Wunsch CD. A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins. J Mol Biol. 1970;48(3):443-53.
[3] de Wachter R. The number of repeats expected in random nucleic acid sequences and found in genes. J Theor Biol. 1981;91(1):71-98.
[4] Brezinski DP. Statistical significance of DNA sequence symmetries. Nature. 1975;253(5487):128-30.
[5] Day GR, Blake RD. Statistical significance of symmetrical and repetitive segments in DNA. Nucleic Acids Res. 1982;10(24):8323-39.
[6] Kolchanov NA, Solov'ev VV, Zharkikh AA. High saturation by direct copies in RNA-polymerase genes based on context analysis data. Dokl Akad Nauk SSSR. 1983;273(3):741-4.
[7] Stormo GD, Schneider TD, Gold L, Ehrenfeucht A. Use of the 'Perceptron' algorithm to distinguish translational initiation sites in E. coli. Nucleic Acids Res. 1982;10(9):2997-3011.
[8] Shakhmuradov IA, Kolchanov NA, Solov'ev VV, Ratner VA. Enhancer-like structures in moderately repetitive sequences of eukaryotic genomes. Genetika. 1986;22(3):357-67.