Biopolym. Cell. 1990; 6(6):59-63.
Компьютерный метод поиска в нуклеотидных
последовательностях участков гомологии
с возможными вставками/делециями
и оценка их статистической значимости
- Институт ботаники им. В. Л. Комарова АН Азербайджанской ССР
Баку, СССР
Abstract
Разработан компьютерный метод, позволяющий выявить все участки гомологии с заданными характеристиками (длина участка, число несовпадений, число и размер делеций/вставок) в одной нуклеотидной последовательности или между двумя последовательностями ДНК (РНК) и оценить статистическую значимость найденных гомологий.
Этот метод особо эффективен для поиска потенциальных шпилечных структур в нуклеотидных последовательностях, а также может применяться при выравнивании двух последовательностей ДНК (РНК)
Полный текст: (PDF, на русском)
References
[2]
Needleman SB, Wunsch CD. A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins. J Mol Biol. 1970;48(3):443-53.
[3]
de Wachter R. The number of repeats expected in random nucleic acid sequences and found in genes. J Theor Biol. 1981;91(1):71-98.
[4]
Brezinski DP. Statistical significance of DNA sequence symmetries. Nature. 1975;253(5487):128-30.
[5]
Day GR, Blake RD. Statistical significance of symmetrical and repetitive segments in DNA. Nucleic Acids Res. 1982;10(24):8323-39.
[6]
Kolchanov NA, Solov'ev VV, Zharkikh AA. High saturation by direct copies in RNA-polymerase genes based on context analysis data. Dokl Akad Nauk SSSR. 1983;273(3):741-4.
[7]
Stormo GD, Schneider TD, Gold L, Ehrenfeucht A. Use of the 'Perceptron' algorithm to distinguish translational initiation sites in E. coli. Nucleic Acids Res. 1982;10(9):2997-3011.
[8]
Shakhmuradov IA, Kolchanov NA, Solov'ev VV, Ratner VA. Enhancer-like structures in moderately repetitive sequences of eukaryotic genomes. Genetika. 1986;22(3):357-67.