Biopolym. Cell. 1990; 6(6):42-48.
Метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях программа «site» пакета «GenBee»
1, 2Кунин Е. В., 2Чумаков К. М., 2Горбаленя А. Е.
  1. Институт микробиологии АН СССР
    Москва, СССР
  2. Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов АМН СССР
    Московская обл., СССР

Abstract

Предложен метод поиска структурных мотивов в аминокислотных последовательностях, основанный на построении частотного профиля группы выравненных фрагментов последовательностей. На примере сканирования банка аминокислотных последовательностей мотивом, характерным для широкого класса NTР-связывающих белков, рассмотрена работа программы «SITE», написанной на основе предложенного алгоритма. Продемонстрированы преимущества предложенного подхода по сравнению со стандартными программами поиска паттернов в отношении полноты и избирательности извлечения из банка последовательностей, содержащих участки, сходные с рассматриваемым мотивом. Представлена предположительная идентификация NTP-связывающих центров в нескольких белках, где они ранее не были обнаружены. Обсуждается применение разработанного алгоритма для классификации банков аминокислотных последовательностей.

References

[1] Staden R. Methods to define and locate patterns of motifs in sequences. Comput Appl Biosci. 1988;4(1):53-60.
[2] Hodgman TC. The elucidation of protein function by sequence motif analysis. Comput Appl Biosci. 1989;5(1):1-13.
[3] Kimura M. The Neutral Theory of Molecular Evolution. Cambridge University Press, 1983; 367 p.
[4] Walker JE, Saraste M, Runswick MJ, Gay NJ. Distantly related sequences in the alpha- and beta-subunits of ATP synthase, myosin, kinases and other ATP-requiring enzymes and a common nucleotide binding fold. EMBO J. 1982;1(8):945-51.
[5] Gorbalenya AE, Koonin EV. Viral proteins containing the purine NTP-binding sequence pattern. Nucleic Acids Res. 1989;17(21):8413-40.
[6] Dayhoff MO, Barker WC, Hunt LT. Establishing homologies in protein sequences. Methods Enzymol. 1983;91:524-45.
[7] Guy B, Kieny MP, Riviere Y, Le Peuch C, Dott K, Girard M, Montagnier L, Lecocq JP. HIV F/3' orf encodes a phosphorylated GTP-binding protein resembling an oncogene product. Nature. 1987 Nov 19-25;330(6145):266-9.
[8] Morrison PT, Lovett ST, Gilson LE, Kolodner R. Molecular analysis of the Escherichia coli recO gene. J Bacteriol. 1989;171(7):3641-9.
[9] Fujisawa H, Yonesaki T, Minagawa T. Sequence of the T4 recombination gene, uvsX, and its comparison with that of the recA gene of Escherichia coli. Nucleic Acids Res. 1985;13(20):7473-81.