Biopolym. Cell. 1990; 6(6):31-36.
Метод построения вторичной структуры РНК на основе принципов самоорганизации
1Гультяев А. П., 1Монаков Ю. Н.
  1. ВНИИ гриппа МЗ СССР
    Ленинград, СССР

Abstract

Описан метод компьютерного построения вторичной структуры РНК на основе последовательности нуклеотидов. Алгоритм использует метод Монте-Карло для моделирования самоорганизации РНК при последовательном образовании новых спиральных участков. Метод может быть использован для расчетов структур достаточно длинных РНК (вплоть до 5000 нуклеотидов) на персональном компьютере без использования больших объемов памяти.

References

[1] Wada A, Suyama A. Local stability of DNA and RNA secondary structure and its relation to biological functions. Prog Biophys Mol Biol. 1986;47(2):113-57.
[2] Zuker M, Stiegler P. Optimal computer folding of large RNA sequences using thermodynamics and auxiliary information. Nucleic Acids Res. 1981;9(1):133-48.
[3] Jacobson AB, Good L, Simonetti J, Zuker M. Some simple computational methods to improve the folding of large RNAs. Nucleic Acids Res. 1984;12(1 Pt 1):45-52.
[4] Kolchanov NA, Solovyev VV, Zharkikh AA. Context theoretical analysis techniques of genetic macromolecules (DNA, RNA and proteins). Itogi nauki i tekhniki. Moscow, VINITI, (Ser. Molekulyarnaya biologiya, Vol. 21). 1985; 6-37.
[5] Martinez HM. An RNA folding rule. Nucleic Acids Res. 1984;12(1 Pt 1):323-34.
[6] Mironov AA, D'iakonova LP, Kister AE. Prediction of the ensembles of RNA secondary structures. Kinetic analysis of self-organization. Mol Biol (Mosk). 1984;18(6):1686-94.
[7] Nussinov R, Pieczenik G. Structural and combinatorial constraints on base pairing in large nucleotide sequences. J Theor Biol. 1984;106(3):245-59.
[8] Freier SM, Kierzek R, Jaeger JA, Sugimoto N, Caruthers MH, Neilson T, Turner DH. Improved free-energy parameters for predictions of RNA duplex stability. Proc Natl Acad Sci U S A. 1986;83(24):9373-7.
[9] Mills DR, Kramer FR, Spiegelman S. Complete nucleotide sequence of a replicating RNA molecule. Science. 1973;180(4089):916-27.
[10] Eigen M, Shuster P. The Hypercycle - a principle of natural self-organization. Moscow, Mir, 1982; 270 p.
[11] Woese CR, Gutell R, Gupta R, Noller HF. Detailed analysis of the higher-order structure of 16S-like ribosomal ribonucleic acids. Microbiol Rev. 1983;47(4):621-69.
[12] Williams AL Jr, Tinoco I Jr. A dynamic programming algorithm for finding alternative RNA secondary structures. Nucleic Acids Res. 1986;14(1):299-315.
[13] Gutell RR, Fox GE. A compilation of large subunit RNA sequences presented in a structural format. Nucleic Acids Res. 1988;16 Suppl:r175-269.