Вивчення ділянок взаємодії тРНК2Ser із Thermus thermophilus з серил-тРНК синтетазою методом хімічної модифікації

Автор(и)

  • О. П. Коваленко Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680 Автор
  • З. М. Петрушенко Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680 Автор
  • Н. М. Мальченко Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680 Автор
  • І. А. Крикливий Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680 Автор
  • Г. Д. Яремчук Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680 Автор
  • М. А. Тукало Інститут молекулярної біології і генетики НАН України Вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, Україна, 03680 Автор

DOI:

https://doi.org/10.7124/bc.00048E

Анотація

Вивчено реакційну здатність залишків фосфорної кислоти тРНК2Ser із Т. thermophilus, шр знаходиться у комплексі з серил-тРНК синтетазою. Серил-тРНК синтетаза захищає від модифікації нітрозоетилсечовиною фосфати акцепторного, варіабельного, Т-стеблів та Т-петлі.

Посилання

Himeno H, Hasegawa T, Ueda T, Watanabe K, Shimizu M. Conversion of aminoacylation specificity from tRNA(Tyr) to tRNA(Ser) in vitro. Nucleic Acids Res. 1990;18(23):6815-9.

Asahara H, Himeno H, Tamura K, Hasegawa T, Watanabe K, Shimizu M. Recognition nucleotides of Escherichia coli tRNA(Leu) and its elements facilitating discrimination from tRNASer and tRNA(Tyr). J Mol Biol. 1993;231(2):219-29.

Asahara H, Himeno H, Tamura K, Nameki N, Hasegawa T, Shimizu M. Escherichia coli seryl-tRNA synthetase recognizes tRNA(Ser) by its characteristic tertiary structure. J Mol Biol. 1994;236(3):738-48.

Petrushenko ZM, Tukalo MA, Gudzera OI, Rozhko OT, Matsuka GKh. [Determination of interacting segments of tRNA(Leu) from cow mammary glands with homologous aminoacyl-tRNA-synthetase by a chemical modification method]. Bioorg Khim. 1990;16(12):1647-52.

Dietrich A, Romby P, Mar?chal-Drouard L, Guillemaut P, Giegé R. Solution conformation of several free tRNALeu species from bean, yeast and Escherichia coli and interaction of these tRNAs with bean cytoplasmic Leucyl-tRNA synthetase. A phosphate alkylation study with ethylnitrosourea. Nucleic Acids Res. 1990;18(9):2589-97.

Tamura K, Asahara H, Himeno H, Hasegawa T, Shimizu M. Identity elements of Escherichia coli tRNA(Ala). J Mol Recognit. 1991;4(4):129-32.

Normanly J, Abelson J. tRNA identity. Annu Rev Biochem. 1989;58:1029-49.

Saks ME, Sampson JR, Abelson JN. The transfer RNA identity problem: a search for rules. Science. 1994;263(5144):191-7.

Biou V, Yaremchuk A, Tukalo M, Cusack S. The 2.9 A crystal structure of T. thermophilus seryl-tRNA synthetase complexed with tRNA(Ser). Science. 1994;263(5152):1404-10.

Cusack S, Yaremchuk A, Tukalo M. The crystal structure of the ternary complex of T.thermophilus seryl-tRNA synthetase with tRNA(Ser) and a seryl-adenylate analogue reveals a conformational switch in the active site. EMBO J. 1996;15(11):2834-42.

Schatz D, Leberman R, Eckstein F. Interaction of Escherichia coli tRNA(Ser) with its cognate aminoacyl-tRNA synthetase as determined by footprinting with phosphorothioate-containing tRNA transcripts. Proc Natl Acad Sci U S A. 1991;88(14):6132-6.

Petrushenko ZM, Kovalenko OP, Malchenko NN, Krikliviy IA, Yaremchuk AD, Tukalo MA. The primary structure of tRNASer from Thermus thermophilus. Biopolym Cell. 1997; 13(3):202-8.

Yaremchuk AD, Tukalo MA, Konovalenko AV, Egorova SP, Matsuka GKh. Isolation of seryl-tRNA synthetase from Thermus thermophilus HB-27. Biopolym Cell. 1989; 5(5):83-86.

Silberklang M, Gillum AM, RajBhandary UL. The use of nuclease P1 in sequence analysis of end group labeled RNA. Nucleic Acids Res. 1977;4(12):4091-108.

Veknestern TB. The primary structure of transfer ribonucleic acids. M.: Nauka, 1970: 258.

Vlassov VV, Giegé R, Ebel JP. Tertiary structure of tRNAs in solution monitored by phosphodiester modification with ethylnitrosourea. Eur J Biochem. 1981;119(1):51-9.

Dock-Bregeon AC, Westhof E, Giegé R, Moras D. Solution structure of a tRNA with a large variable region: yeast tRNASer. J Mol Biol. 1989;206(4):707-22.

Fujinaga M, Berthet-Colominas C, Yaremchuk AD, Tukalo MA, Cusack S. Refined crystal structure of the seryl-tRNA synthetase from Thermus thermophilus at 2.5 A resolution. J Mol Biol. 1993;234(1):222-33.

Borel F, Vincent C, Leberman R, H?rtlein M. Seryl-tRNA synthetase from Escherichia coli: implication of its N-terminal domain in aminoacylation activity and specificity. Nucleic Acids Res. 1994;22(15):2963-9.

Завантаження

Опубліковано

1997-07-20

Номер

Розділ

Структура та функції біополімерів