Енергетика переходів B–Z-і Z–клубок у водних розчинах полі (dG-dC)
DOI:
https://doi.org/10.7124/bc.00027BАнотація
З використанням методів диференційної сканувальної калориметрії (ДСК), кругового дихроїзму (КД) і УФ-спектрофотометрії досліджували переходи В?Z- і Z-спіраль?клубок у полі (dG-dC). За температури 76 °С спостерігався оборотний перехід, ідентифікований як В?Z-nepexід. За температури 97 °С зафіксовано набагато інтенсивніший за теплопоглинанням перехід Z-спіраль?клубок. Розраховано термодинамічні параметри таких переходів.Посилання
Pohl FM, Jovin TM. Salt-induced co-operative conformational change of a synthetic DNA: equilibrium and kinetic studies with poly (dG-dC). J Mol Biol. 1972;67(3):375-96.
Wang AH, Quigley GJ, Kolpak FJ, Crawford JL, van Boom JH, van der Marel G, Rich A. Molecular structure of a left-handed double helical DNA fragment at atomic resolution. Nature. 1979;282(5740):680-6.
Kłysik J, Stirdivant SM, Wells RD. Left-handed DNA. Cloning, characterization, and instability of inserts containing different lengths of (dC-dG) in Escherichia coli. J Biol Chem. 1982;257(17):10152-8.
Nordheim A, Rich A. Negatively supercoiled simian virus 40 DNA contains Z-DNA segments within transcriptional enhancer sequences. Nature. 1983 Jun 23-29;303(5919):674-9.
Arndt-Jovin DJ, Robert-Nicoud M, Zarling DA, Greider C, Weimer E, Jovin TM. Left-handed Z-DNA in bands of acid-fixed polytene chromosomes. Proc Natl Acad Sci U S A. 1983;80(14):4344-8.
Ivanov VI, Krylov DYu, Minyat EE. Three-state diagram for DNA. J Biomol Struct Dyn. 1985;3(1):43-55.
Minyat EE, Karapetyan AT, Vardevanyan PO, Ivanov VI. Phase surface of the B–Z equilibrium for poly[d(G–C)] solution in coordinates: non-electrolyte fraction, ionic strength, temperature. Biopolym Cell. 1988; 4(4):177-82.
Behe MJ, Felsenfeld G, Szu SC, Charney E. Temperature-dependent conformational transitions in poly(dG-dC) and poly(dG-m5dC). Biopolymers. 1985;24(2):289-300.
Chaires JB, Sturtevant JM. Thermodynamics of the B to Z transition in poly(m5dG-dC). Proc Natl Acad Sci U S A. 1986;83(15):5479-83.
Privalov PL. Physical problems of protein structure. Vestn. Akad. Nauk. SSSR. 1986; (2):72-9.
Cantor CR, Schimmel PR. Biophysical Chemistry. San Francisco, WH Freeman and Co., 1985; Vol. 3, 534 p.
Rich A, Nordheim A, Wang AH. The chemistry and biology of left-handed Z-DNA. Annu Rev Biochem. 1984;53:791-846.
Chevrier B, Dock AC, Hartmann B, Leng M, Moras D, Thuong MT, Westhof E. Solvation of the left-handed hexamer d(5BrC-G-5BrC-G-5 BrC-G) in crystals grown at two temperatures. J Mol Biol. 1986;188(4):707-19.
Saenger W. Principles of nucleic acid structure. New York: Springer, 1984; 556 p.
Klump HH. Thermodynamics of left-handed helix formation. FEBS Lett. 1986;196(1):175-9.
Ruggiero J, Manzini G, Quadrifoglio F. Ionic and nonionic contributions to the free-energy change in the B-Z transition of alternating polydeoxynucleotides in aqueous solution. Biopolymers. 1987;26(11):1975-9.
Hall KB, Maestre MF. Temperature-dependent reversible transition of poly(dCdG).poly(dCdG) in ethanolic and methanolic solutions. Biopolymers. 1984;23(11 Pt 1):2127-39.
