Biopolym. Cell. 1990; 6(6):31-36.
http://dx.doi.org/10.7124/bc.00029C
Метод побудови вторинної структури РНК на основі принципів самоорганізації
1Гультяєв А. П., 1Монаков Ю. Н.
  1. ВНДІ грипу МОЗ СРСР
    Ленінград, СРСР

Abstract

Описано метод комп’ютерної побудови вторинної структури РНК на основі послідовності нуклеотидів. Алгоритм використовує метод Монте-Карло для моделювання самоорганізації РНК при послідовному утворенні нових спіральних ділянок. Метод може бути використаний для розрахунків структур досить довгих РНК (аж до 5000 нуклеотидів) на персональному комп’ютері без використання великих обсягів пам'яті.
Повний текст: (PDF, російською)

References

[1] Wada A, Suyama A. Local stability of DNA and RNA secondary structure and its relation to biological functions. Prog Biophys Mol Biol. 1986;47(2):113-57.
[2] Zuker M, Stiegler P. Optimal computer folding of large RNA sequences using thermodynamics and auxiliary information. Nucleic Acids Res. 1981;9(1):133-48.
[3] Jacobson AB, Good L, Simonetti J, Zuker M. Some simple computational methods to improve the folding of large RNAs. Nucleic Acids Res. 1984;12(1 Pt 1):45-52.
[4] Kolchanov NA, Solovyev VV, Zharkikh AA. Context theoretical analysis techniques of genetic macromolecules (DNA, RNA and proteins). Itogi nauki i tekhniki. Moscow, VINITI, (Ser. Molekulyarnaya biologiya, Vol. 21). 1985; 6-37.
[5] Martinez HM. An RNA folding rule. Nucleic Acids Res. 1984;12(1 Pt 1):323-34.
[6] Mironov AA, D'iakonova LP, Kister AE. Prediction of the ensembles of RNA secondary structures. Kinetic analysis of self-organization. Mol Biol (Mosk). 1984;18(6):1686-94.
[7] Nussinov R, Pieczenik G. Structural and combinatorial constraints on base pairing in large nucleotide sequences. J Theor Biol. 1984;106(3):245-59.
[8] Freier SM, Kierzek R, Jaeger JA, Sugimoto N, Caruthers MH, Neilson T, Turner DH. Improved free-energy parameters for predictions of RNA duplex stability. Proc Natl Acad Sci U S A. 1986;83(24):9373-7.
[9] Mills DR, Kramer FR, Spiegelman S. Complete nucleotide sequence of a replicating RNA molecule. Science. 1973;180(4089):916-27.
[10] Eigen M, Shuster P. The Hypercycle - a principle of natural self-organization. Moscow, Mir, 1982; 270 p.
[11] Woese CR, Gutell R, Gupta R, Noller HF. Detailed analysis of the higher-order structure of 16S-like ribosomal ribonucleic acids. Microbiol Rev. 1983;47(4):621-69.
[12] Williams AL Jr, Tinoco I Jr. A dynamic programming algorithm for finding alternative RNA secondary structures. Nucleic Acids Res. 1986;14(1):299-315.
[13] Gutell RR, Fox GE. A compilation of large subunit RNA sequences presented in a structural format. Nucleic Acids Res. 1988;16 Suppl:r175-269.