Biopolym. Cell. 1988; 4(4):182-187.
Структура та функції біополімерів
Структура і властивості полі(dA)·полі(dТ) і А : Т-ділянок ДНК. Розрахунки енергії невалентних взаємодій у системі, що складається з регулярного полінуклеотиду і двох шарів води в його глікозидному жолобі
1Головінська А. Г., 2Полтєв В. І., 1Чуприна В. П.
  1. Науково-дослідний обчислювальний центр АН СРСР
    Пущино, Московська обл., СРСР
  2. Інститут біологічної фізики АН СРСР
    Пущино, Московська обл., СРСР

Abstract

Під впливом взаємодії полі(dA) · полі(dT) у волокнах і розчинах з двома шарами води, що утворює водний хребет, подібний виявленому в середній частині двоспірального фрагмента d(CGCGAATTCGCG) у кристалі, формується специфічна конформація полінуклеотиду.

References

[1] Arnott S, Chandrasekaran R, Hall IH, Puigjaner LC. Heteronomous DNA. Nucleic Acids Res. 1983;11(12):4141-55.
[2] Rhodes D, Klug A. Sequence-dependent helical periodicity of DNA. Nature. 1981;292(5821):378-80.
[3] Drew HR, Travers AA. DNA structural variations in the E. coli tyrT promoter. Cell. 1984;37(2):491-502.
[4] Koo HS, Wu HM, Crothers DM. DNA bending at adenine . thymine tracts. Nature. 1986 Apr 10-16;320(6062):501-6.
[5] Sarma MH, Gupta G, Sarma RH. Untenability of the heteronomous DNA model for poly(dA).poly(dT) in solution. This DNA adopts a right-handed B-DNA duplex in which the two strands are conformationally equivalent. A 500 MHz NMR study using one dimensional NOE. J Biomol Struct Dyn. 1985;2(6):1057-84.
[6] Wartell RM, Harrell JT. Characteristics and variations of B-type DNA conformations in solution: a quantitative analysis of Raman band intensities of eight DNAs. Biochemistry. 1986;25(9):2664-71.
[7] Alexeev DG, Lipanov AA, Skuratovsky IYa. Structure of the calcium salt of poly(dA) : poly(dT) as revealed by the X-ray diffraction analysis in fibres. Biopolym. Cell. 1986; 2(4):189-95.
[8] Dicker son R. E., Kopka M. L., P jura F. Base sequence, helix geometry, hydration and helix stability in B-DNA. Biological macromolecules and assemblies. Eds F. A. Jurnak, A. McPherson. New York: Wiley, 1985. Vol. 2:37-126.
[9] Chuprina VP. Regularities in formation of the spine of hydration in the DNA minor groove and its influence on the DNA structure. FEBS Lett. 1985;186(1):98-102.
[10] Chuprina VP, Khutorsky VE, Poltev V. Theoretical refinement of A- and B-conformation models of regular polynucleotides. Stud biophys. 1981; 85(2):81-8.
[11] Poltev V, Chuprina VP. Relation of maeromolecular structure and dynamics of DNA to the mcchanisms of fidelity and errors of nucleic acids biosynthesis. Structure and motion: membranes, nucleic acids and proteins. Eds E. Clementi et al. New York: Adenine press, 1985: 433-460.
[12] Zhurkin VB, Poltev VI, Florent'ev VL. Atom--atomic potential functions for conformational calculations of nucleic acids. Mol Biol (Mosk). 1980;14(5):1116-30.
[13] Poltev VI, Grokhlina TI, Malenkov GG. Hydration of nucleic acid bases studied using novel atom-atom potential functions. J Biomol Struct Dyn. 1984;2(2):413-29.
[14] Zhurkin VB, Lysov YP, Florentiev VL, Ivanov VI. Torsional flexibility of B-DNA as revealed by conformational analysis. Nucleic Acids Res. 1982;10(5):1811-30.
[15] Leslie AG, Arnott S, Chandrasekaran R, Ratliff RL. Polymorphism of DNA double helices. J Mol Biol. 1980;143(1):49-72.
[16] Hinton DM, Bode VC. Purification of closed circular lambda deoxyribonucleic acid and its sedimentation properties as a function of Sodium chloride concentration and ethidium binding. J Biol Chem. 1975;250(3):1071-9.
[17] Calladine CR. Mechanics of sequence-dependent stacking of bases in B-DNA. J Mol Biol. 1982;161(2):343-52.
[18] Clore GM, Gronenborn AM. The solution structure of a B-DNA undecamer comprising a portion of the specific target site for the cAMP receptor protein in the gal operon. Refinement on the basis of interproton distance data. EMBO J. 1985;4(3):829-35.
[19] Arnott S, Chandrasekaran R, Puigjaner LC, Walker JK, Hall IH, Birdsall DL, Ratliff RL. Wrinkled DNA. Nucleic Acids Res. 1983;11(5):1457-74.