Biopolym. Cell. 1990; 6(6):72-79.
Пакет прикладных программ для анализа аминокислотных последовательностей на персональной микро-ЭВМ «ИСКРА-226»
1Костецкий П. В., 1Артемьев И. В., 1Пожильцова О. И., 1Ульяшин В. В.
  1. Институт биоорганической химии им. М. М. Шемякина АН СССР
    Москва, СССР

Abstract

Приведено описание пакета программ для обработки аминокислотных последовательностей белков и пептидов. Входящие в пакет программы дают возможность: 1) ввода и редактирования аминокислотных последовательностей; 2) распечатки выравненных аминокислотных последовательностей семейств гомологичных белков; 3) попарного сравнения гомологичных последовательностей; 4) расчета филогенетических деревьев гомологичных белковых последовательностей; 5) идентификации местоположения вариабельных и консервативных участков в аминокислотных последовательностях гомологичных белков; 6) поиска сходства двух сравниваемых белков с распечаткой точечной матрицы сравнения; 7) предсказания локализации В- и T-клеточных антигенных детерминант; 8) перенесения аминокислотных последовательностей банка белковых последовательностей PIR, хранящихся на магнитных лентах, на гибкий магнитный диск персональной ЭВМ «Искра-226» и обратно; 9) идентификации фрагментов структурного гена с помощью набора пептидов; 10) трансляции структурных генов, содержащих интроны. Пакет программ написан на алгоритмическом языке Бейсик. С целью ускорения работы отдельных наиболее трудоемких блоков программ использован автокод микро-ЭВМ. Программы реализованы в диалоговом режиме.

References

[1] Sidman KE, George DG, Barker WC, Hunt LT. The protein identification resource (PIR). Nucleic Acids Res. 1988;16(5):1869-71.
[2] Cannon GC. Sequence analysis on microcomputers. Science. 1987;238(4823):97-103.
[3] von Heijne G. Getting sense out of sequence data. Nature. 1988;333(6174):605-7.
[4] Del?age G, Clerc FF, Roux B, Gautheron DC. ANTHEPROT: a package for protein sequence analysis using a microcomputer. Comput Appl Biosci. 1988;4(3):351-6.
[5] Bellon B. Apple Macintosh programs for nucleic and protein sequence analyses. Nucleic Acids Res. 1988;16(5):1837-46.
[6] Kostetski? PV, Dobrova IE. Reconstruction of long polynucleotide sequences from fragments using the Iskra-226 personal computer. Bioorg Khim. 1988;14(4):515-21.
[7] Kostetski? PV, Artem'ev IV. Automatic identification of structural gene fragments using a set of peptides. Bioorg Khim. 1990;16(2):202-10. Russian.
[8] Kostetski? PV, Vladimirova RR. Graphic identification of conservative and variable segments in the amino acid sequences of homologous proteins. Bioorg Khim. 1989;15(11):1573-6.
[9] Golovanov AP., Sukhanov SV, Barsukov LI. Effect of Mn2 + and Cd2 + on the gramicidine channels conductivity. Biol. membrane. 1989; 7(2):149-53
[10] Cherepanov DA, Rapanovich II. Simulation of the kinetics of oligomeric enzymes as illustrated by phosphofructokinase. I. General analysis of experimental data and the choice of an adequate model. Mol Biol (Mosk). 1987;21(3):820-30.
[11] Borodovski? MIu, Sprizhitski? IuA, Golovanov EI, Aleksandrov AA. Statistical characteristics in primary structures of functional regions of Escherichia coli genome. I. Frequency characteristics. Mol Biol (Mosk). 1986;20(4):1014-23.
[12] Borodovski? MIu, Sprizhitski? IuA, Golovanov EI, Aleksandrov AA. Statistical characteristics in primary structures of functional regions of Escherichia coli genome. II. Non-stationary Markov chains. Mol Biol (Mosk). 1986;20(4):1024-33.
[13] Borodovski? MIu, Sprizhitski? IuA, Golovanov EI, Aleksandrov AA. Statistical characteristics of primary structures of the functional regions of the Escherichia coli genome. III. Computer recognition of coding regions. Mol Biol (Mosk). 1986;20(5):1390-8.
[14] Fitch WM, Margoliash E. Construction of phylogenetic trees. Science. 1967;155(3760):279-84.
[15] Madisen L, Webb NR, Rose TM, Marquardt H, Ikeda T, Twardzik D, Seyedin S, Purchio AF. Transforming growth factor-beta 2: cDNA cloning and sequence analysis. DNA. 1988;7(1):1-8.
[16] Welling GW, Weijer WJ, van der Zee R, Welling-Wester S. Prediction of sequential antigenic regions in proteins. FEBS Lett. 1985;188(2):215-8.
[17] Kyte J, Doolittle RF. A simple method for displaying the hydropathic character of a protein. J Mol Biol. 1982;157(1):105-32.
[18] Hopp TP, Woods KR. Prediction of protein antigenic determinants from amino acid sequences. Proc Natl Acad Sci U S A. 1981;78(6):3824-8.
[19] Margalit H, Spouge JL, Cornette JL, Cease KB, Delisi C, Berzofsky JA. Prediction of immunodominant helper T cell antigenic sites from the primary sequence. J Immunol. 1987;138(7):2213-29.
[20] Kostetskiy PV, Artem'yev IV. Automating the identification of the structural gene fragment using a set of peptides. VII All-Union symp. by protein and peptide chemistry. Tallinn, 1987; 27 p.
[21] Ovchinnikov YuA, Monastyrskaya GS, Broude NE, Ushkaryov YuA, Melkov AM, Smirnov YuV, Malyshev IV, Allikmets RL, Kostina MB, Dulubova IE, et al. Family of human Na+, K+-ATPase genes. Structure of the gene for the catalytic subunit (alpha III-form) and its relationship with structural features of the protein. FEBS Lett. 1988;233(1):87-94.