Biopolym. Cell. 1990; 6(6):22-31.
Компьютерная система исследования роли полинуклеотидного контекста в возникновении точковых мутаций
1Рогозин И. Б., 1Колчанов Н. А., 1Соловьев В. В., 1Среднева Н. Е.
  1. Институт цитологии и генетики, Сибирского отделения АН СССР
    Новосибирск, СССР

Abstract

В настоящее время имеется много свидетельств в пользу важной роли полинуклеотидного контекста (конкретных вариантов полинуклеотидных последовательностей) в возникновении мутаций. Однако молекулярные механизмы, посредством которых полинуклеотидный контекст влияет на возникновение мутаций, до настоящего времени остаются малоисследованными. Появление эффективных методов секвенирования привело к быстрому накоплению данных о локализации мутаций в последовательностях ДНК. Нами разработана компьютерная система для анализа особенностей полинуклеотидного контекста, влияющих на возникновение мутаций. В настоящее время она состоит из двух частей: банка данных мутационных событий и комплекса методов анализа связи особенностей контекста с возникновением одиночных и множественных замен.

References

[1] Ripley LS. Model for the participation of quasi-palindromic DNA sequences in frameshift mutation. Proc Natl Acad Sci U S A. 1982;79(13):4128-32.
[2] Kolchanov NA, Solovyov VV, Rogozin IB. Peculiarities of immunoglobulin gene structures as a basis for somatic mutation emergence. FEBS Lett. 1987;214(1):87-91.
[3] Burns PA, Gordon AJ, Glickman BW. Influence of neighbouring base sequence on N-methyl-N'-nitro-N-nitrosoguanidine mutagenesis in the lacI gene of Escherichia coli. J Mol Biol. 1987;194(3):385-90.
[4] Golding GB, Glickman BW. Sequence-directed mutagenesis: evidence from a phylogenetic history of human alpha-interferon genes. Proc Natl Acad Sci U S A. 1985;82(24):8577-81.
[5] Drake JW, Baltz RH. The biochemistry of mutagenesis. Annu Rev Biochem. 1976;45:11-37.
[6] Salganik RI, Mazin AV, Dianov GL, Ovchinnikova LP. Induction of repetitive nucleotide sequences. The probable mechanisms of genome evolution and gene conversion. Genetika. 1984;20(8):1244-54.
[7] Lewin B. Genes. (2nd Edition). New York, John Wiley & Sons, 1985; 734 p.
[8] Watson JD. Molecular biology of the gene. New York, W. A. Benjamin, 1970; 2nd Ed. 662 p.
[9] Meselson MS, Radding CM. A general model for genetic recombination. Proc Natl Acad Sci U S A. 1975;72(1):358-61.
[10] Kunkel TA. The mutational specificity of DNA polymerases-alpha and -gamma during in vitro DNA synthesis. J Biol Chem. 1985;260(23):12866-74.
[11] Topal MD, Eadie JS, Conrad M. O6-methylguanine mutation and repair is nonuniform. Selection for DNA most interactive with O6-methylguanine. J Biol Chem. 1986;261(21):9879-85.
[12] Gearhart PJ, Bogenhagen DF. Clusters of point mutations are found exclusively around rearranged antibody variable genes. Proc Natl Acad Sci U S A. 1983;80(11):3439-43.
[13] Reynaud CA, Anquez V, Grimal H, Weill JC. A hyperconversion mechanism generates the chicken light chain preimmune repertoire. Cell. 1987;48(3):379-88.
[14] Rogozin IB, Solovyev VV, Kolchanov NA. Context predetermination of the mutation process (somatic, spontaneous and induced point mutations). Novosibirsk, (Preprint. USSR Academy of Sciences, Institute of Cytology and Genetics, N 08031). 1988, 54 p.
[15] Berek C, Griffiths GM, Milstein C. Molecular events during maturation of the immune response to oxazolone. Nature. 1985 Aug 1-7;316(6027):412-8.
[16] Rabbitts TH, Hamlyn PH, Baer R. Altered nucleotide sequences of a translocated c-myc gene in Burkitt lymphoma. Nature. 1983 Dec 22-1984;306(5945):760-5.
[17] Hauser J, Levine AS, Dixon K. Unique pattern of point mutations arising after gene transfer into mammalian cells. EMBO J. 1987;6(1):63-7.